阿拉善盟有3个大沙漠。阿拉善沙漠是统称阿拉善盟境内三大沙漠即巴丹吉林沙漠、腾格里沙漠和乌兰布和沙漠，是戈壁大沙漠最南部分，位于中国中北部的银额盆地底部。
巴丹吉林沙漠位于阿拉善高原中心，集中分布于
弱水东岸的古日乃湖以东、宗乃山和雅布赖山以西，拐子湖以南，北大山以北的地区。
腾格里沙漠主体分布于
阿拉善左旗西南部额尔克哈什哈、查干
布拉格、豪斯布尔都、通古勒格淖尔、温都尔勒图等苏木镇境内。地势由东南向西南缓降，海拔在1200～1400m之间。以多淡水湖泊绿洲著称，沙漠内部沙丘、湖盆、残丘、山地及沙砾平原交互分布。
乌兰布和沙漠位于阿拉善左旗东北部，主要分布于阿拉善左旗的乌素图、巴彦木仁、敖伦布拉格、吉兰泰、罕乌拉等苏木镇境内。