长春市国家税务局于1994年9月正式成立，其设立旨在适应分税制财政体制的需要，根据国务院的授权，主要负责管理长春市区域内的中央税和中央与地方共享税的征收工作。具体包括增值税、消费税、中央企业的所得税，自2002年起，还包括新设立企事业单位所得税以及外商投资企业和金融保险业的营业税等税种的征收。
目前，市局内部设有多个职能机构，如办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、征收管理处、计划统计处、财务管理处、国际税收管理处、进出口税收管理处、人事处、离退休干部管理办公室、教育处、监察室、机关党委办公室、机关纪委和机关工会等。此外，还有6个事业单位，如信息中心、机关服务中心、培训中心、税收科学研究所、税务学会和票证中心，以及1个直属稽查局，确保税收征管的高效运行。
在区县层级，长春市国税局下辖南关、朝阳、宽城、二道、绿园、双阳、高新、经济、净月、汽车等10个城区税务局，以及榆树、九台、德惠和农安等4个县（市）税务局。这些机构共同构成了长春市国家税务局的完整网络，目前全系统共有2797名员工，共同致力于税收服务和管理。