中国社会科学院工业经济研究所设有多个研究室，各专注于不同领域的工业经济研究。其中，工业发展研究室主要关注工业化理论，探讨工业发展与增长、产业结构与产业政策，以及工业技术进步和国际比较。他们还研究部门经济和工业经济史，深入剖析历史与现实的联系。
能源经济研究室则聚焦于能源工业的运行规律，包括能源资源的开发利用、能源管理体制、市场供求与价格分析，以及能源安全和国际关系与合作。他们运用经济分析方法，为能源领域的决策提供理论支持。
投资与市场研究室关注产业投资的导向和规模，研究投资与环境的关系，探讨图书出版业的经济效益、市场供求状况，以及跨国投资和工业品进出口贸易的动态变化。
工业布局与区域经济研究室研究经济区位理论，探讨城市与区域经济发展、区域经济政策，以及地区发展战略规划和区际经济关系。他们致力于优化区域经济发展管理。
产业组织研究室专注于产业组织理论、政策，以及市场结构、企业行为和绩效。研究内容涵盖了市场中介组织、政府规制、行业管理和网络经济的最新动态。
企业制度研究室的核心研究方向包括公司理论、企业产权和治理结构，以及中小企业、政府与企业的管理模式、国有资产管理体制和国有企业改革。同时，他们也关注民营企业、企业集团和跨国公司的发展动态。
企业管理研究室则深入研究管理学基础理论，包括企业运行机制、战略规划、人力资源、生产与技术管理、市场营销、企业文化等，以及管理思想和历史演变。
财务与会计研究室专攻财务会计理论与实务，涉及管理会计、财务分析、企业融资、股利政策、企业重组并购，以及国际融资和风险管理等实践性问题。
中国社会科学院工业经济研究所于1978年4月5日正式建立，是中国社会科学院经济学科的主要研究机构之一。工业经济研究所本部现有人员110人，其中：高级研究人员45人；博士24人，硕士27人；博士生导师11人，硕士生导师20人。包括所属机构在内的全体员工共600多人。著名经济学家马洪同志为该所第一任所长，著名经济学家蒋一苇、周叔莲、张卓元、陈佳贵等也先后任工业经济研究所的所长。