平凉市环境保护局设有多个内设部门，以确保高效地履行环保职责。首先，办公室负责全局的政务综合协调，包括公务活动的组织、宣传教育、人事劳资和财务管理工作，确保机关内部运行的有序。
在污染控制方面，污染控制科承担起环境污染治理和减排的重要任务，同时参与循环经济、低碳经济、气候变化和环保产业发展等相关策略的指导。
开发监督科则负责环境影响评估，对新、改、扩项目进行环评文件的审查、审批和环保验收，确保建设项目符合环保要求。
生态保护科聚焦于生态环境保护和农村环保工作，对自然资源的开发利用、生态环境建设和生态恢复进行监督管理。
环境管理科承担环境保护目标责任书的管理工作，包括业务培训、环境保护规划、统计和信息发布，以公开透明的方式传递环保信息。
现场执法监管和排污收费由市环境监察支队负责，同时处理环境投诉和信访，维护公众的环境权益。
环境质量监测、污染源监督性和应急监测工作由市环境监测站执行，确保数据准确及时，为环保决策提供科学依据。
市环境信息监控中心负责环境信息网和污染源自动监控平台的建设和运行管理，助力信息化环保监管。
对于核和辐射安全，市放射源安全监督管理站负责实施严格的监督管理，保障公众的辐射安全。
最后，市环保科学研究所专注于环保科研，进行重要课题研究，并提供环保技术研究和环境影响评价的有偿服务。
市环保产业协会则致力于环保科技的推广和应用，推动环保产业的发展。