1688年，蒙古族人民正与戈洛文率领的沙俄侵略军激烈抵抗，打得俄军狼狈不堪。然而，噶尔丹背信弃义，越过杭爱山，对土谢图汗和喀尔喀蒙古发动突袭，迫使喀尔喀蒙古部族南迁。1690年，自以为得到俄国支持的噶尔丹，借口追击喀尔喀，进一步侵犯漠南喀尔喀，掠夺人口和牲畜，甚至提出了分裂主义要求，企图将北部置于其统治之下。清朝政府为保卫边疆和反抗侵略，对准噶尔部的噶尔丹展开了坚决的斗争。
清政府在外交上与沙俄对抗的同时，政治和军事上也做好了充分准备。康熙帝认识到，必须消除噶尔丹的威胁以保障国家安全。于是，他决定亲征，1690年7月，组建了左右两路大军，分别由和硕裕亲王福全和和硕恭亲王常宁领军，分别从古北口和喜峰口出发。康熙帝随后亲征，抵达博洛河屯，指挥全局。
1690年8月，清军在乌兰布通大败噶尔丹，噶尔丹在败逃中损失惨重。尽管如此，他仍试图东山再起，煽动科尔沁等部叛乱，同时寻求沙俄支持。面对噶尔丹的骚扰，清政府采取军事和政治两手策略，最终在1696年，康熙帝亲率10万大军，分三路进攻，彻底击败噶尔丹，昭莫多一战决定了叛乱的败局。
尽管噶尔丹战败，但顽固抗拒清政府招抚，继续叛乱。1697年，康熙帝第三次平叛，命费扬古和马恩哈率领大军追剿，最终噶尔丹饮药自尽，准噶尔的叛乱被平定。然而，准噶尔部的问题并未结束，准噶尔贵族的分裂活动持续至18世纪，直至乾隆帝时期，通过多次军事行动和策略，清政府才彻底平定准噶尔部的割据势力，结束了西北地区的长期动荡。
平定准噶尔叛乱剿抚并用，为国家统一而战。清军平定准噶尔贵族叛乱之战，是一次维护祖国统一、反对民族分裂的正义战争。 这次战争，起于清康熙二十九年（1690年），迄于清乾隆二十二年（1757年），迭经三朝，历时70年，最终弭叛息乱，取得了完全胜利。