佛手瓜是一种可以长期储存的蔬菜。它适合在8-10摄氏度和80-90%的湿度下储存。如果储存在阴凉通风的地方，可以储存1-2周。如果温度和湿度合适，储存时间可以更长；如果放在冰箱里保存，一般可以保存4-6周；如果晒干保存，保存好六个月到一年都没问题。如果佛手瓜只破了一点点，断了的部分切掉了还可以吃；如果佛手瓜坏的部分超过1/3，那么就不建议再吃了，因为坏的部分会产生大量的细菌，细菌会顺着细胞组织到好的部分，吃了之后很容易引起胃部不适，对健康有极其不利的影响。
佛手瓜是一种多年生草本植物，有多年生根和藤蔓，开花结果。贮藏的甜瓜应在雌花开花后20~25天采收，当果实长到一定大小时，果皮绿色开始褪色并有光泽，肉瘤上的刺不明显。如果采收过晚，甜瓜的绿皮会褪成黄绿色，肉瘤上的刺开始脱落，甚至种子从甜瓜中发芽，这种成熟度的甜瓜不能长期保存。佛手瓜皮薄，角质度低，肉质脆嫩，易受损。因此，在从收获到储存的每个操作环节，都要小心谨慎，尽可能避免损坏。
佛手瓜的贮藏温度为3~5℃。温度超过10℃时，呼吸旺盛，养分消耗快，甚至种子生根发芽，严重降低其商品品质。佛手瓜皮薄，角质化程度低，容易失水，因此85%~95%的相对湿度有利于贮藏。此外，5%~8%的氧气和3%~5%的二氧化碳能明显抑制佛手瓜的成熟和衰老，保持其良好的品质，延长其贮藏期。因为佛手瓜耐贮藏，所以采用缸藏、沟藏、窖藏等方法。大多用于常温生产。只要储存的产品质量高，储存设施合理，管理措施得当，可以储存到春节前后蔬菜的淡季。如果在冷藏中控制适当的低温，结合使用塑料果蔬保鲜袋或0.03mm厚聚乙烯膜的单瓜袋，保鲜效果会更好。各种贮藏方式管理的依据是佛手瓜能适应的贮藏温度、湿度和气体成分指标。
佛手瓜在贮藏前，一定要精心挑选，剔除伤瓜和嫩瓜；将甜瓜放在阴凉通风处2~3天，使甜瓜失去部分田间热量；冷库用塑料袋包装时，冷库中的瓜温降至5℃左右时，必须将瓜装入塑料袋中。为了减少腐烂病，可以在贮藏前用多菌灵浸泡800次，每次1分钟左右，然后沥干水分，干燥贮藏。也可以使用托布津、苯等防腐剂。如果佛手瓜已经切好，剩下的可以用保鲜膜包起来，放在冰箱里保存，2~4天内即可食用。因为表面的切口时间长了容易变质，虽然没有损坏，但是里面可能已经变味或者发霉了，尽量早点吃。选佛手瓜的时候，选皮滑肉实的，这样可以保存更久。要想保存好佛手瓜，保存温度要控制在10℃。湿度也决定了佛手瓜的营养价值和保存时间，所以湿度也要控制在80%-90%。受损的佛手瓜很难保存，所以如果你想保存，就保留完好的佛手瓜。