南京海军指挥学院为学生提供了全面且有保障的教育与福利。学生在入学时，根据国家规定，可顺利办理户口迁移手续，确保个人权益。毕业时，学院会颁发就业报到证，为学生未来的就业道路铺平道路。
学院采用严格的准军事化管理模式，要求学生身着军装，这种纪律性和严谨的环境有助于塑造学生的专业素质和军人精神风貌。
在学术方面，学生在完成学业并成绩合格后，将获得国家认可的普通高校本科学历证书，证书信息可在网上查询。这些学历属于国民教育系列，与地方大学学员享有同等的教育权益。对于满足学士学位授予条件的学生，学院还会颁发学士学位证书，进一步拓宽了他们的学术发展路径，可报考军、地院校的研究生项目。
最为特别的是，持有学院证书的学生将享受到军人级别的待遇，包括但不限于在旅游景点购票时的优惠，以及在海军旅馆等场所的免费服务。这无疑为学生们的学习生活增添了便利和实惠。
海军指挥学院是海军最高学府，主要担负培养海军中高级指挥干部、海军军以上机关参谋及军事学硕士、博士研究生的任务。学院坐落在南京市，占地面积48万多平方米。学院坚持"教育要面向现代化、面向世界、面向未来"，认真贯彻"院校教育必须为军队建设服务，适应和平时期部队建设的需要，适应未来战争的需要"的办学思想。1989年，学院 "海军图上战役演习改革"获国家优秀教学成果特等奖和军队级一等奖；1993年学院"海军 战役战术指挥计算机模拟训练"成果获国家优秀教学成果二等奖和军队级一等奖。