1931年8月，川东特委负责人文强（文莱之）被捕，为考虑安全，组织决定撤消川东特委，成立江巴中心县委，领导重庆周围十县市的党组织。郑佑之任秘书长。他继续通过余宏文和“良心会”的周云芳、薛彦夫等人将文强秘密救出监狱，离开四川。布置“良心会”的人秘密杀掉那些作恶多端的特务、死不悔改的叛徒，暗中保护被捕监禁的陈震等同志。
郑佑之在重庆工作期间，正是党犯“左”倾错误的极盛时期。那时党一再强调把工作重点放在城市搞工人运动，把大批党员骨干调来城市，用集会、讲演、散发传单这种方式发动群众，组织武装暴动，夺取大城市。他对党在城市的这种工作方法持反对意见，曾在党的会议上多次提出将党的工作重点转移到农村。他以切身的经验指出，在敌强我弱的大城市，党的组织累遭破坏，党的领导人，一个个被捕杀害。辛辛苦苦建立起来的组织，一下子就给破坏了。他极不赞成在大城市执行那种蛮干的作法，并提出愿意去农村建立武装根据地。他的正确意见得不到支持，反而被扣上“保守主义”、“右倾思想”、“农民意识”、“逃跑主义”等帽子。
由于敌人采用残酷镇压和收买叛徒两种手法，江巴中心县委成立不到一年，李家俊、杨仁杰、饶耿之等领导人又相继牺牲。郑佑之认为再这样下去，在重庆的党组织有被敌人完全吃掉的危险，即决心回农村再创根据地，以保存势力。他写信给弟弟郑瑞符，要他筹集银元从速寄来重庆。款到后，他花了200多元大洋，在刘湘军械库里搞到当时最好的10支德国快慢机手枪，并派张朗元、陈强等人秘密运回宜宾。刘湘得知他的枪枝被共产党弄走的消息后，立即在全城戒严，搜捕共产党人，寻找枪枝。因此案与余宏文等人有牵连，郑佑之立即要余宏文、周云芳、杨剑寒等人撤出特委会，火速离开重庆。而郑佑之也因此身份暴露，刘湘不惜重金四处悬赏缉拿他，组织决定立即把他调离重庆，派盛一平接替他的秘书长职务。一切移交工作已经完成，但临走之前组织又要他最后去由他领导的交通站取情报。郑佑之陈述这个交通站的人已不可靠，再去有被捕危险。可是组织仍再三要他去，他服从组织决定于12月21日去桂花街五世同堂院内，而交通站负责人袁世勋已于凌晨前被捕叛变，供出了郑佑之要来此取信件，即被敌人预先设下埋伏而被捕。郑佑之知道自己再也不能出去，就在监狱里秘密给党组织和他的亲密战友李坤杰写了遗书，作好牺牲准备。1931年12月29日，敌人对郑佑之进行最后一次审讯。军法官也未放弃最后一次希望，再次对郑佑之进行诱降、劝降之后说：“你这样大的岁数了，还相信马克思主义？你是受了欺骗。”郑佑之响亮地回答：“我就是相信马克思主义。”军法官见郑佑之没有“回心转意”，又问：“你相信马克思主义，你愿不愿意为它牺牲？”“我愿意。”郑佑之在敌人的法庭上，英勇不屈，视死如归，斩钉截铁地回答 。
1931年12月30日，郑佑之在重庆英勇就义，时年40岁。临刑前，郑佑之在敌人戒备森严的刑庭上，抓住仅有的一点时间，给弟弟们写下了一封成为传之千古的遗书，要弟弟们“传布与一般人知道，以待将来的公论”。
郑佑之赤胆忠心，无私无畏，把毕生精力贡献给了党和人民的事业。
民国20年底，党组织决定将郑调离重庆。当他办毕交接手续，去桂花街五世同堂院内交通联络站取信时，因叛徒袁世勋出卖而被捕。郑被投入巴县监狱，敌人百般威胁利诱，而他铁骨铮铮、坚贞不屈。是年12月30日，郑慷慨就义于重庆罗家湾。后，其弟郑瑞符将遗体载运回乡，安葬于普岗寺平民学校（今普岗小学校）旁。建国后，人民政府将墓修葺。1985年县人民政府于墓前立碑，碑文：“中国共产党首届四川省委委员郑佑之烈士墓”。同年4月5日，中共观音区委集资建立“郑佑之烈士纪念碑”于观音中心小学灯光球场侧 。（注：郑佑之参加中国共产党的时间，一说1925年转党，一说是1922年入党。现已无法详考）
中新网宜宾2011年4月11日电(罗志彦 何川)记者11日从四川宜宾市翠屏区文史委获悉，近日，该委收到一位不愿意透露姓名的老同志捐献的大量珍贵老照片，其中，发现了四川早期中共党员，优秀革命活动家、中共宜宾地方组织创建人之一，人称“川南农王”郑佑之在重庆遇害时的照片。
记者看见，该黑白照片中，一名男子横躺在一块木板上，胸口中央的弹孔清晰可辨。据捐献照片的老同志告诉记者，该男子正是郑佑之无疑。记者发现，在老同志捐献的照片中，还有有关郑佑之被捕枪决的报道的照片。报道该消息的报纸名为《重庆新蜀报》。报道标题为“昨日枪决三共党 用世杰(文章中为周世杰，此处疑为别字)罗曼生郑佑之图谋不轨”，报道记载：“用罗两人，已判处死刑。于昨(三十)日午前绑赴刑场枪决矣，又共党省委郑佑之，在共党中原有第一马克思之称，于日前被二十一军部口口口桂花街五世同堂院内捕获，判处死刑，亦同时执行云。”随后，记者又将照片翻拍以后交予原宜宾县委党史办主任胡登元辨认。胡登元告诉记者，该照片确系郑佑之就1931年12月30日就义后的照片，是他的弟弟郑瑞符前往重庆搬遗体回乡时拍摄的。
