2003年7月5日，中国科学院、广东省人民政府、广州市人民政府共同建设国家级生物医药研究开发机构——“中国科学院广州生物医药与健康研究院”签字仪式在广州隆重举行。合作三方将各出资1亿元，总共3亿元主要用于研究院启动阶段（2003－2005年）的基本建设、仪器设备、课题研究及日常运转等。
2003年7月25日，中国科学院广州生物医药与健康研究院理事会成立暨第一次理事会议在广州召开。
2003年12月27日，中国科学院广州生物医药与健康研究院挂牌仪式在广州举行。
2006年3月10日，中央机构编制委员会办公室下发《关于中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位机构编制的批复》，同意成立中国科学院广州生物医药与健康研究院。
2006年4月14日，中国科学院下发《关于成立中国科学院广州生物医药与健康研究院和中国科学院宁波材料技术与工程研究所的通知》。广州医药院的定位为：成为以国家健康和生物医药需求为主导，以国际前沿的致病机理研究、高水平核心技术创新与集成为核心，致力于构筑我国医药、疫苗及诊断的创新研究实体，成为国家健康安全体系中的重要组成部分。
2006年7月11日中国科学院广州生物医药与健康研究院在国家事业单位登记管理局完成注册登记。
2006年7月17日，中国科学院广州生物医药与健康研究院获得国家质量监督检验检疫总局颁发的《中华人民共和国组织机构代码证》。
2006年10月25日，中国科学院广州生物医药与健康研究院取得广州开发区规划国土建设局关于科研园区项目用地的规划蓝线图。
2007年8月10日，中国科学院广州生物医药与健康研究院院属华南干细胞与再生医学研究所正式成立。
2007年12月18日，中国科学院广州生物医药与健康研究院工会第一次会员大会召开。
2008年8月14日，中国科学院广州生物医药与健康研究院召开全体职工大会，宣布新一届行政领导班子。
