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根据上述职责，市国土资源局设12个内设机构。
（一）办公室（党委办公室）。
负责文电、文档、机要、保密、会务、信息、接待、综合协调等机关日常运转工作；承担信访和对外联络工作；负责固定资产管理、车辆管理、基建维修、安全保卫等后勤服务工作；统筹协调局信息化建设、政务公开和督查督办工作；负责局机关及所属单位的党群工作；承担自治区在柳州市地矿系统单位的党组织管理工作。
（二）政策法规科。
承担与国土资源有关的综合性政策、规范性文件的起草、修改和审核工作；调研和提出国土资源管理综合性政策建议；负责组织国土资源管理法律、法规、规章及本局业务工作的新闻宣传工作；负责办理有关听证、行政复议、应诉等事宜；参与本局重大行政行为的会审。
（三）土地规划与调控科。
负责推进国土资源科技进步，组织制定并实施全市国土资源科技发展战略、规划、计划和科技项目，推进国土资源信息化和信息资料的公共服务；组织开展国土资源经济形势分析和国土资源管理工作的对外合作与交流；研究提出全市国土资源供需总量平衡的政策建议；参与全市经济运行及相关改革研究；组织国土资源重大课题调研；承担综合统计和局内专业统计归口管理工作；组织编制和实施全市国土规划、土地利用总体规划、基本农田保护规划、土地开发整理复垦规划等国土资源综合规划和其他专项规划；指导、审核市辖县（区）、乡（镇）各项土地资源规划；负责各类建设项目用地预审和城乡建设用地增减挂钩工作；参与建设项目选址及土地规划调整或修改工作。
（四）财务科。
参与管理土地、矿产资源性资产和国家出资形成的矿业权权益的有关工作；承担本系统的财务督查和指导工作；负责国土资源各项行政事业性收费、土地有偿使用收入、探矿权和采矿权使用费、价款、矿产资源补偿费等的征收入库管理工作；贯彻执行国家和自治区有关财务会计制度，建立健全本局财务管理制度并组织实施。
（五）耕地保护科。
负责编制和实施土地利用年度计划；贯彻执行国家、自治区、柳州市有关耕地保护和农用地转用、土地征收的法律、法规和政策；承办需报国务院、自治区和市人民政府批准的各类建设项目农用地转用和土地征用、征收以及国有未利用地开发的审核报批相关工作；承办集体土地临时用地的审批工作；负责耕地保护和耕地总量动态平衡管理，承担耕地保护责任目标考核的有关工作；组织实施基本农田保护；负责土地开发整理计划及复垦项目的相关工作；对土地开垦、整理、复垦有关费用收缴使用情况进行监督检查。
（六）土地利用管理科。
执行国家土地供应政策，组织制定和实施土地供应年度计划；组织制定国土资源领域节约集约利用和循环经济等政策管理措施；承担土地出让金等专项收入的征收有关工作；负责全市土地利用监督管理工作；负责国有土地使用权划拨、出让、转让、租赁等的审核和企业改制涉及的土地资产以保留划拨方式处置的审批，以作价出资（入股）或授权经营方式处置的初审，以出让、租赁方式处置的地价审核；负责对土地市场进行监测和监督管理土地资产、土地二级市场；负责基准地价、标定地价的建立和管理；负责土地市场动态监测与监管系统、地价动态监测体系的管理；负责国有临时用地审批和土地供应综合统计；协助上级国土资源部门开展土地估价行业管理和土地估价报告的备案工作。
（七）行政审批科。
负责与市政务服务中心的协调联系，接受市政务服务中心的指导。牵头负责本局行政审批事项工作，统一受理行政审批申请，统一送达行政审批决定，并负责市局办理的土地登记的审核工作。
（八）地籍与测绘管理科。
负责全市地籍管理工作；拟订并实施地籍管理、土地确权、登记、土地资源调查、争议调处办法等工作方案；负责各类地籍资料的整理、共享和汇交管理；依据土地调查、监测、统计的规程、规范标准，组织实施全市土地资源调查、土地遥感监测、变更调查及土地统计工作，建立健全土地统计台帐及簿册；负责承办跨县（区）土地权属纠纷调处和重大土地权属纠纷调处工作；贯彻执行国家、自治区测绘工作的法律、法规和规章、规定；负责全市测绘工作的统一监督管理和基础测绘、地籍测绘工作；组织编制实施本行政区域的基础测绘规划、地籍测绘规划和基础测绘年度计划；负责管理全市基础测绘成果，监督测绘成果质量和保密工作；会同有关部门依法监督管理测绘市场和地图市场；维护和完善全市测绘基准和测量控制系统，监督管理测量标志保护工作；加强市县级测绘公共服务和应急保障工作，监督管理地理信息获取与应用等测绘活动；做好测绘资质证书、测绘作业证书的审核报批及其他工作。
（九）矿产资源管理科 ?
负责组织编制和实施全市矿产资源总体规划、矿产资源保护和合理利用规划、矿产资源勘查规划；负责采矿权审查、调查、出让工作和探矿权、矿业权市场监督管理相关工作，依法组织矿产资源专项收入的征收管理；负责矿产资源开发利用与保护的监督管理及其年度检查和统计汇总工作，组织开展全市矿产勘查开发秩序整治和维护工作；负责县级矿产资源总体规划的预审工作；负责矿产资源储量监督管理工作和建设项目压覆重要矿产资源审查工作；组织矿产资源补偿费、采矿权使用费、采矿权价款的征收管理工作；负责组织调处市本级发证矿业权权属纠纷。
（十）地质环境管理科?
负责组织编制和实施地质环境规划、地质灾害防治和地质遗迹保护规划；负责地质灾害防治管理，组织开展地质灾害调查、预警预报，组织协调、指导应急处置工作；负责建设工程项目地质灾害危险性评估结果的审查备案；负责地质环境监督管理，组织开展矿山地质环境恢复治理和保护；负责地质遗迹、矿业遗迹保护工作和岩溶洞穴、钟乳石资源、矿泉水、地下水、地热资源管理；依法管理水文地质、工程地质、环境地质的勘查和评价工作。
（十一）执法监察科
负责组织开展对国家土地资源、矿产资源法律、法规、规章的执行情况进行监督检查；组织查处或会同有关部门查处全市范围内的国土资源违法案件和测绘违法案件；组织开展国土资源执法监察巡查工作，受理群众对土地、矿产违法行为的举报；组织开展对土地、矿产规划的执行情况以及土地征收、征用、农用地转用、土地资产处置、建设用地供应，土地、矿产资源的开发、利用与保护，土地、矿产的登记发证，土地、矿产资源市场的监督检查；依法组织查处重大土地、矿产违法案件；组织协调全局社会治安综合治理工作。
（十二）人事科（纪检监察室）
承办局机关及指导所属单位的人事、机构编制和培训教育工作；负责全局干部和市辖县国土资源部门正、副科级干部的考核、任免等管理工作；负责本局纪检监察和计划生育工作，并依照管理权限查处违纪案件；负责本局党风廉政建设的日常工作和局党委、纪委交办的其他事项。负责离退休人员管理人员。
