东南大学建筑学院与东南大学建筑研究所是同一个机构。
东南大学建筑学院前身为国立中央大学（国立南京大学、南京大学）建筑系，创立于1927年，是中国现代建筑学学科的发源地。
1952年全国高校院系调整后成为南京工学院建筑系，1988年成为东南大学建筑系， 2003年组建为东南大学建筑学院。
中国著名建筑教育先驱刘福泰、鲍鼎、卢树森等先生先后执掌建筑系，著名建筑家杨廷宝和刘敦桢学部委员、童寯教授等曾长期在该系任教和主持工作，其中杨廷宝还是中国建筑学会理事长，国际建筑师学会副主席。
学院现设建筑学系、城市规划系、环境设计系、景观学系、建筑技术系、建筑历史与理论研究所 、实验中心、院机关等机构。