首先，拿到初稿修改意见后，应该仔细阅读和理解每条修改意见。这些意见可能涉及论文的结构、逻辑、语言表达等方面，因此需要对论文进行全面检查，并与修改意见进行对照。
其次，针对每条修改意见进行逐一分析。根据修改意见的性质和内容，进行相应的修改。例如，如果修改意见是关于论文结构的，可以重新调整论文的章节安排和段落组织；如果是关于语言表达的，可以对不恰当的词汇或句式进行调整和改进。
接下来，对修改后的论文进行逐段校对。检查每个段落的逻辑连接是否流畅，句子之间是否有连贯性，并进行必要的修正和调整。同时，还要注意语法和拼写错误，确保论文的语言表达准确无误。
另外，针对修改意见中提到的查重问题，需要借助查重系统进行检测。通过查重系统，可以发现论文中存在的抄袭或重复内容，并及时进行删除和修改。确保论文的原创性和学术诚信。可以使用paperfree、papertime进行初步的查重与修改，支持在线改重实时检测。
最后，修改完论文后，应该再次仔细审阅整篇论文。检查论文是否符合格式要求，包括页眉页脚、参考文献格式、图表编号等。确保论文整体的风格、格式和内容都符合学校和学术会议的要求。