我大概知道你的问题是什么意思……你是不是要问像《樱花》那样的日本传统曲子，曲调为什么让人听起来非常忧伤？按照我的理解，这和主观因素和客观因素都有关系，主观因素就是你个人对音乐的感觉之类的，有的人天生就认为一首曲子伤感，而别人不一定认为，这我没办法回答。
但是很多人都认为日本的这类音乐伤感，说明有客观原因。我觉得客观原因就解释为它用的“调”或者说用的“音阶”很特殊。这类音乐用的音阶是：
la
si
do
mi
fa
la（或者写成数字简谱是6
7
1
3
4
6）
比如《樱花》就是
la
la
si
la
la
si
la
si
do
si
la
si
la
fa
mi
do
mi
fa
mi
do
si
就没有re和so。这个音阶按照音乐专业的角度解释，会有一些特殊性，我也不是太懂。你可以简单看看，它相当于7个音的音阶去掉了re和so，si
do之间和mi
fa之间半音的关系全都保留了，fa
si之间增四度也在，等等。这些特点导致了这种音阶写出来的音乐会让人听起来觉得比较冷色调，甚至不安。而
五声音阶do
re
mi
so
la
do，就比这个平稳得多，之间没有半音和增四度的关系，所以中国很多传统音乐就不会有日本音乐这种感觉。上面大部分是胡扯了，总之核心就是它的音阶造成了你听起来感觉很奇怪很悲伤，你如果进一部问为什么这种音阶让人觉得不对劲，那就是人的生理问题了。
最后纠正一下你提问中的说法。“日本的古典纯音乐”这个说法不对。
第一，“古典”这个词不是乱用的，它偏向于西方文化色彩，算是西方文化中的专用词汇。西方的艺术一般有很多这样的说法，比如“
古典音乐”“
古典文学”等等，科学领域也有，比如“
古典经济学”，物理中的“古典动力学（经典动力学）”等等。纯粹东方发展起来的文化概念一般不会用这个词，比如你说的日本音乐，应该叫“日本民族音乐”或者“日本传统音乐”更为恰当。我知道很多人都把传统的东西一概称为“古典”，不管东方还是西方的，但这种说法严格来说的确不对。
第二，“日本的传统音乐”不止是你说的这种，还有很多其他的，有的音乐用的就是中国的五声音阶，听起来和
中国音乐没啥区别，还有很多其他的音阶都不一样，只是这种音阶大部分人听着觉得伤感。
第三，不一定“纯音乐”啊，大家熟知的《樱花》就不是纯音乐，而是一首民歌。