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基因注释包括哪些内容
什么是基因注释
?
答:
基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面
。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:
(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果
;(2)通过相似性比对从已知基因和蛋白质序列得到间接证据;(3)基于各种统计模型和算法从头...
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
基因注释主要有三种策略 从头注释( de novo
prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based
prediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录...
怎样检查
基因
组
注释
结果的可靠性
答:
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释
。我们将分别对这四个领域进行阐述。1:重复序列的识别。重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列,小卫星序列等等;...
什么是基因注释
答:
地球生物包括动物、植物、微生物,数量巨大,种类繁多,形态各异,生存环境和生活习性各不相同
,这都是由基因控制的。“种瓜得瓜、种豆得豆”是人们对这种现象的高度概括,即物种的生物学特征和特性是由基因决定的,是可以遗传的。一个基因编码一个蛋白质,蛋白质的功能决定生物体所表现出来的特征特性。
什么是基因
结构
注释
答:
近来的研究表明,基因组不仅
是基因的
简单排列,它
有
其特有的组织结构和信息结构,这种结构是在长期的演化过程中产生的,也是基因发挥其功能所必须的。弄清楚生物体基因组特有的组织结构和信息结构,解译生命的遗传语言的关键。其作用有:生物大分子结构模拟和药物设计
包括
RNA(核糖核酸)的结构模拟和反义RNA...
基因
组
注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
动植物
基因
组
注释包括
重复序列注释以及基因结构注释,重复序列
注释是
注释中非常重要的环节,主要
包括的
软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf
注释的
是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组...
【必备技能】
基因注释
方法合集
答:
例如ENST是转录本ID,而NP代表蛋白质ID。在实际操作中,
注释
工具和方法多种多样。我们先来看看clusterProfiler包中的bitr()函数,它曾
是基因
芯片分析和GO、KEGG、GSEA的好帮手。然而,使用它进行从ENST到其他ID类型的转换时,可能会遇到问题,可能是因为org.Hs.eg.db数据库更新不及时。这时,我们可以转向...
基因
结构
注释
(2):同源注释
答:
首先选择同源物种,在本次分析中,我使用Saccharomyces_cerevisiae、Laccaria_bicolor、Amanita_thiersii、Pleurotus_pulmonarius、Pterula_gracilis进行同源
注释
然后使用TBLASTN确定匹配到
基因
组
的
蛋白序列 使用gth进行同源注释 删除一些无用的信息可以看到基本已经注释完成,但是exon之类的没
有
ID,在后续识别会有...
基因注释
方面的问题
答:
定义1: 编码蛋白质或RNA等具有特定功能产物的遗传信息的基本单位,是染色体或基因组的一段DNA序列(对以RNA作为遗传信息载体的RNA病毒而言则是RNA序列)。
包括
编码序列(外显子)、编码区前后对于基因表达具有调控功能的序列和单个编码序列间的间隔序列(内含子)。
基因注释
:大概就是一个基因的资料
什么
的......
什么是基因注释
annotation
答:
基因组测序只能测出整个DNA
的
碱基对排列 顺序,不能直接测出DNA上的基因及其功能 ,必须通过生物信息学方法,结合蛋白组学、 转录组学,对测出来的序列进行分析,将基因 及其功能加以挖掘、注释,这称作
基因注释
。
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基因注释的方法及流程
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简述基因注释的基本流程
真核生物基因预测软件
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