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基因组的功能注释包括
基因组注释
分析主要
包括
哪些内容
答:
基因组注释包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测
。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。(2) 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上,找出编码基因位置,预测编码基因结构。或者通过专业的外显...
4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找
答:
基因组序列主要构成成分是 基因序列,重复序列和基因间序列 。
基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别
,为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复的和低复杂性的序列。重复序列(repetitive sequence)是在基因组中不同位置出现的相同或对称性序列片段,一般...
什么是
基因注释
?
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。
基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面
。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
怎样检查
基因组注释
结果的可靠性
答:
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释
。我们将分别对这四个领域进行阐述。1:重复序列的识别。重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列,小卫星序列等等;...
最近十年,遗传学(
包括基因组
学)
有哪些
实质性的突破?
答:
这十年Genomics的主要变化就是定量化和可编辑,这段时间
基因组
学的主要任务有以下三种是对基因组进行
功能
性
的注释
(Functional annotation)、理解表观遗传修饰(Epigenetic modification)在基因组中的作用以及大量的基于高通量测序技术的相关表征技术的出现。这三个部分充分融合生命科学和生物技术,联系紧密,使得...
测序相关知识总结
答:
转录组学(transcriptomics)是在
基因组
学后新兴的一门学科,即研究特定细胞在某一
功能
状态下所能转录出来的所有RNA(
包括
mRNA和非编码RNA)的类型与拷贝数。Illumina提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设计,可自由提供关于转录的客观和权威信息。研究人员仅需要一次试...
转录测序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分别是什么意思
答:
SwissProt数据库是检查过的、手工
注释
的蛋白数据库,我们将Unigene注释到SwissProt数据库,以得到更加高质量的注释结果。COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物,KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库
包含
了7个完整
基因组的
真核生物的直系同源家族...
基因组注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
动植物
基因组注释包括
重复序列注释以及基因结构注释,重复序列注释是注释中非常重要的环节,主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf注释的是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组...
基因注释
方面的问题
答:
定义1: 编码蛋白质或RNA等具有特定
功能
产物的遗传信息的基本单位,是染色体或
基因组的
一段DNA序列(对以RNA作为遗传信息载体的RNA病毒而言则是RNA序列)。
包括
编码序列(外显子)、编码区前后对于基因表达具有调控功能的序列和单个编码序列间的间隔序列(内含子)。
基因注释
:大概就是一个基因的资料什么的......
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
基于转录组预测(transcriptome-based prediction):通过物种的RNA-seq数据辅助注释,能够较为准确的确定剪切位点和外显子区域。每一种方法都有自己的优缺点,所以最后需要用EvidenceModeler(EVM)和GLEAN工具进行整合,合并成完整的
基因
结构。基于可靠的基因结构,后续可才是
功能注释
,蛋白功能域注释,基因本体论...
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