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如何进行基因注释
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
基于转录组预测(transcriptome-based
prediction):通过物种的RNA-seq数据辅助注释,能够较为准确的确定剪切位点和外显子区域
。每一种方法都有自己的优缺点,所以最后需要用EvidenceModeler(EVM)和GLEAN工具进行整合,合并成完整的基因结构。基于可靠的基因结构,后续可才是功能注释,蛋白功能域注释,基因本体论...
常用的编码蛋白质
基因
的
注释
方法有哪些
答:
三种。
第一个就是转录组或蛋白组数据,第二就是同源基因的数据,第三个就是从头预测
。从可信度方面来看,转录组或蛋白的数据注释出来的基因最可信,其次是根据同源基因注释出的基因,最后才是从头预测的基因。转录组出来的最可信,不表示就是100%正确。现下流行的蛋白基因注释流程基。
基因
结构
注释
(2):同源注释
答:
首先选择同源物种,在本次分析中,我使用Saccharomyces_cerevisiae、Laccaria_bicolor、Amanita_thiersii、Pleurotus_pulmonarius、Pterula_gracilis
进行
同源
注释
然后使用TBLASTN确定匹配到
基因
组的蛋白序列 使用gth进行同源注释 删除一些无用的信息可以看到基本已经注释完成,但是exon之类的没有ID,在后续识别会有问...
什么是
基因注释
?
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释
。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
绘制差异
基因
kegg
注释
图
答:
打开KEGG在线
注释
工具:https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 设置参数,并将第一步准备的Excel表中的第一列和第三列数据粘贴进去(注意:跳过第一行和第二列)。点击左下角的“exec”按钮开始计算。根据您提交的
基因
数量,稍等片刻,结果即生成。生成的代谢通路结果按数量排序,点击...
使用MAKER
进行基因注释
(高级篇之AUGUSTUS模型训练)
答:
根据Augutus的官方教程,可靠的
基因
结构序列的要求如下:之后 随机 将
注释
数据集分成训练集和测试集,为了保证测试集有统计学意义,因此测试集要足够多的基因(100~200个),并且要足够的随机。基因结构集的可能来源有:由于目前的转录组数据比较多,我先用Trinity对转录组数据
进行
从头组装,然后用PASA将...
【Bioconductor系列】利用Bioconductor包
进行基因
组变异位点
注释
答:
载入
注释
包 我们的VCF已经比对到NCBI的
基因
组,并且已知基因轨道来自于UCSC。这些机构对染色体有不同的命名传统。为了在匹配(match)或者重叠(overlap)操作用到这些数据,染色体命名方式(或者叫seqlevels)需要匹配。我们会修改txdb以匹配VCF文件.根据基因创建转录本列表 为TRPV基因创建基因范围 ScanVcfParam ...
通过Prokka对
基因
组数据
进行注释
并提取16S序列
答:
直接使用 prokka
进行基因注释
最后的输出结果:可以查看得到的 gff 文件是否有 16S 这个关键信息,发现我们得到的
注释基因
组里面有多个拷贝。对GFF注释文件的解析:得到一个 PROKKA_12122021.fna.fai 文件,于是接下来便通过samtools工具截取gff文件中提示的16S的序列,以编号为 ID=FHNIADIC_00822 的数据...
基因
组
注释
分析主要包括哪些内容
答:
或者通过生物信息(bioinformation)学软件预测,找出这些小RNA
基因
,并
进行
分类。(4) 调控序列和假基因的预测。基因功能的
注释
,使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等,使用比对的方法,如blast,找出同源相近的基因,并注释功能。
基因
组
注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
动植物
基因
组
注释
包括重复序列注释以及基因结构注释,重复序列注释是注释中非常重要的环节,主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf注释的是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组...
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可以进行基因功能注释的是
基因的功能注释流程是什么
基因注释的目的
基因注释的基本流程
简述基因组注释的基本流程
mapper基因注释
重复序列注释方法
基因的功能注释
基因注释服务