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基因注释服务
什么是
基因注释
?
答:
基因
组
注释
是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
什么是
基因注释
答:
基因组测序只能测出整个DNA的碱基对排列顺序,不能直接测出DNA上的基因及其功能,必须通过生物信息学方法,结合蛋白组学、转录组学,对测出来的序列进行分析,将基因及其功能加以挖掘、注释,这称作
基因注释
。快速有效的基因注释对进一步识别基因,研究基因的表达调控机制, 研究基因在生物体代谢途径中的地位,...
【必备技能】
基因注释
方法合集
答:
首先,了解
基因
ID的多样性是关键。让我们看看几种常见的ID类型:Symbol ID,如TP53,是我们在科研文献中常见的基因名称;Entrez ID,如TP53的7157,由NCBI的Entrez gene数据库赋予,通常以纯数字呈现;Ensemble ID,如ENSG00000141510,Ensembl数据库的详尽
注释
让每个基因可能有多个ID,其中ENSG是标志;G、T...
关于人类参考
基因
组及
注释
文件,一篇就够了
答:
在GENCODE中,选择GTF/GFF3下载
基因
组
注释
,它们由9列组成,GTF以Tab键区分,便于传输。NCBI提供另一份GTF和GFF文件,解压后对比显示,NCBI的注释文件包含更多详细信息。虽然Gencode的注释文件可能稍少,但对于只关注编码基因的分析,差异可能不大。考虑到偏好,后续分析我倾向于使用NCBI版本的文件。综上,...
哪个软件可用于
基因
组
注释
之前判断基因的组装完整度
答:
BUSCO。BUSCO可以单拷贝同源
基因
,所以BUSCO可用于
基因组注释
之前判断基因的组装完整度。基因组注释是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是功能基因组学研究的一个热点。
基因
组
注释
的介绍
答:
基因
组
注释
(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。
基因注释
与功能的分类(3)
答:
富集分析方法通常是分析一组
基因
在某个功能结点上是否过出现(over-presentation)。这个原理可以由单个基因的
注释
分析发展到大基因集合的成组分析。由于分析的结论是基于一组相关的基因,而不是根据单个基因,所以富集分析方法增加了研究的可靠性,同时也能够识别出与生物现象最相关的生物过程。常用的功能富集...
entrez gene数据库从哪些方面对
基因
进行
注释
答:
美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),即我们所熟知的NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库...
试述
基因注释
的主要原理和意义。
答:
【答案】:某个物种的
基因
组包括成千上万的基因甚至更多,它们在分子水平的复杂网络中相互作用。这些分子网络趋于模块化,相近的模块再形成一种组合的单元发挥作用与功能。更进一步,这些模块可以按照进化时间组装成层级结构来发挥更高级的作用。意义:对基因进行快速、有效的
注释
对进一步进行基因识别、识别基因...
基因
组
注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf
注释
的是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在
基因
组上,形成重复序列) 官网链接: Tandem Repeats Finder Welcome Page ,我这次安装的是v4.10.0 File : FASTA 格式的DNA 输入序列 Match, Mismatch, and Delta: 匹配上,没匹配...
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