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参考基因组没有注释的原因
送出去做转录组学的研究需要提取rna么
答:
也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程). 若
没有注释
较好的
参考基因组
,建议先用转录组序列从头组装(推荐trinity),再把从头组装的序列作为参考转录本,将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中.或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作为参考转录本.
什么是
基因注释
?
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。
基因组注释的
研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
基因注释有
那什么用
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。
基因组注释的
研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
基因注释有
那什么用
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。
基因组注释的
研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
Stringtie的使用
答:
注意:一定要使用-dta选项来运行HISAT2,否则结果将会受到影响。作为选项,可以向StringTie提供GTF / GFF3格式的
参考注释基因组
文件。在这种情况下,StringTie更喜欢使用注释文件中的这些“已知”基因,对于那些被表达的基因,它将计算coverage,TPM和FPKM值。它还会产生额外的转录本,而注释文件中并
没有
这些...
Ensembl数据库
答:
同样,对于
基因注释
文件(GTF或GFF3),如需GRCh38的基因注释,点击相应的下载按钮,推荐选择以.chr.gtf.gz结尾的压缩格式文件,便于后期处理和分析。实践应用:数据的整合与比对通过Ensembl下载的
参考基因组
序列文件和注释文件,研究人员可以与比对软件无缝结合,进行细致的序列比对,从而挖掘基因的功能变异、...
Shu2020 4种SNP调用管道的比对
答:
在
没有参考基因组的
情况下,被调用的snp数量要少得多(6.2-19万对210-270万)。UNEAK最快,发现的snp比Stacks de novo多。具有参考基因组的Stacks产生的snp数量最多,旁系同源比例最低,而由TASSEL-GBS V2鉴定的snp表现出最高的杂合度、较小的等位基因频率和旁系同源比例。虽然方法之间有很高的...
《BSA》-生信笔记---003
答:
7,
没有参考基因组的
物种能否做BSA性状定位?答:没有参考基因组的物种可以进行SNP频率差异分析,可以找到侯选这段,但是无参定位效果较差,并且缺少
注释
文件,获得的结果少无参物秤一般情况不推荐做BSA性状定位,建议尝试遗传图谱等方案。8,多倍体物种可以进行BSA性状定位吗?答:有参考基因组的多倍体物种,例如: ...
用clusterProfile进行非模式物种且
没有参考基因组的
GO和KEGG富集分析...
答:
直接上整理出来的脚本吧:接着提取KEGG
注释
信息并富集分析。。。
GTF与GFF
答:
-R 针对的是-r参数,仅考虑参考与任何输入的注释文件有重叠的 。 -Q 针对的是-r参数,仅考虑输入的注释文件与任何
参考有
重叠的 。 (警告,这将丢弃所有的新的注释位点) -M 丢弃(忽略)掉输入的注释文件和
参考注释
文件中单外显子转录本 -N 丢弃(忽略)掉参考注释文件中单外显子转录本 -s
基因组
序列文件 -e ...
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