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参考基因组没有注释的原因
STAR安装与使用
答:
--sjdbGTFfile :
参考基因组注释
文件 --sjdbOverhang :这个是reads长度的最大值减1,默认是100 --readFilesIn :paired reads文件 --outSAMtype :表示输出默认排序的bam文件 --outFileNamePrefix :前缀 参考: https://www.pellegrini.mcdb.ucla.edu/pellegrini/pellegrinilabscps/SCP_RNAseq_STAR....
ATAC-seq专题---生信分析流程
答:
常见的motif分析软件有homer和MEME。以homer软件为例,首先在linux环境中安装homer,然后用以下命令进行motif分析: findMotifsGenome.pl \ A1_peaks.bed \ #用于进行motif分析的bed文件 genome.fa \ #
参考基因组
fa文件 A1 \ #输出文件前缀 -size given \ #使用给定的bed区域位置进行分析,如果填-size -100,50则...
30X的全
基因组
和150X的全外显子组应该如何选择?
答:
如果研究的物种
没有注释
良好的
参考基因组
,那么全基因组测序是值得的,可以在此基础上提供基因组草图以及在比较基因组上讨论一些有意思的话题。但如果对象是人,有足够优秀的参考基因组,那么用全基因组重测序做GWAS就是个值得商榷的话题了:人的haplotypeblocks最短是数kb,考虑基因组全长的话,那么SNP...
基因组-
没有参考基因组
,如何完成基因克隆?
答:
分子生物学相关的实验,我做的不多,只是会简单的DNA和RNA提取,跑q,基因克隆等有限的技术。 目前,主要还是以生物信息学为主。 最近,在做一个中草药基因组,就不禁有一个疑问,如果一个物种
没有参考基因组
,我们怎么设计引物?怎样了解此物种的基因功能呢?目前来说,我认为 de novo ...
生信数据分析常见格式(一)
答:
gff主要用来注释
基因组
SAM(sequence alignment/map format):由标头注释部分和比对部分组成 bed(Browser Extensible Data):是ucsc 的genome browser的一个格式,描述
注释的
数据。bed有3个要求的字段(基本列)和9个额外的字段(附加列)vcf(Variant Call Format):格式是用于表示突变信息的文本格式,...
什么是
基因注释
?
答:
基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。
基因组注释的
研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合:(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(...
动植物重测序--BSA
答:
不同群体的index算法原理上稍有不同。2、如果该物种
没有参考基因组
怎么办?或者如果样品是两个品种的杂交后代,⽽两个品种都有参考基因组,该选择哪个参考基因组?如果该物种没有参考基因组,⽽近缘物种有参考基因组,可以选择近缘物种的参考基因组进⾏⽐对分析。如果两个...
转录组数据分析RNA-seq
答:
1.数据质量控制:检查原始测序数据的质量,去除低质量的读段(reads)。2.序列比对:将质量控制后的读段与
参考基因组
或转录本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
植物
基因组
-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)
答:
如图所示,gff3文件主要有以#开始的行数,为
基因注释
行,起到注释信息的作用,
没有
#的行,表示主体部分,整个文件以tab键分隔。中国春小麦
参考基因组
各个染色体长度的信息,即保存在#行,不过染色体的长度不是从1开始,而是从第一个
注释的
基因起始位置开始,这点需要注意,可以从下图看到。编号1即为第...
不准确为什么
基因
测序的结果一般会认为序列两端不
答:
是有参考基因组的还是de novo的结果,如果有参考基因组的,那么可以通过这个基因名称在
注释
结果中查找是否有这个基因,序列信息需要在参考基因组中查找,如果是
没有参考基因组的
,那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对。克隆出来基因序列并测序之后,通常先要鉴定这个序列是不是符合我们...
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