这是一个好问题，关注行业研究的的人一般都会思考这个问题，尤其在新技术、新模式不断涌现的现阶段，需要基于行业本质去考虑这些基础层的问题。当然两个问题都很大，我基于我个人的理解回答一下。
制造与流通企业的差别源于社会分工，前者侧重生产即从原料到产品的过程，后者侧重流通即从产品变商品实现向客户交付的过程。制造企业经营本质在于挣取产品研发、生产费用，国内企业经历过OEM、ODM、OBM的变迁，原则上创新力及品牌力越强的企业毛利率越高；流通企业经营本质在于挣取产品差价、服务费用，国内企业经历过市场、商场、卖场、电商、专营店、O2O的变迁，企业分布呈现两极化，贸易流通企业本质是薄利多销、走量取胜，零售流通企业本质是多快好省、经营用户。核心要素可以概括为三点差别，有一定代表性，代表一般常态——制造企业重资产运作、毛利相对高、周转相对慢；流通企业轻资产运作、毛利相对低、周转要求快。
企业内部如何做到物流和资金流的协调？这个涉及模式设计、运营体系与经营能力问题。怎么理解呢？a.模式选择：制造企业会根据自身能力选择链条长短，如富士康专注代工生产，如大量品牌鞋服是制造+流通模式；流通企业会根据自身资源选择品类宽度及服务深度，如京东从3C为主向“3C+家居+母婴+书记+生鲜+…”扩充，或淘宝/天猫从交易服务为主向“支付、物流、信息服务、大金融…”扩充——不管哪类企业，模式选择决定了物流与资金流协调的难度和前提；b.运营体系，制造企业传统做法是订单驱动型生产来平衡物流资金流的，当然买卖双方关系错位后制造企业被逼转型，而转向更主动的运营体系；流通企业传统做法是大批量经销+小规模零售，这种优点是流通企业自身易协调，缺点是流通环节多、成本高，去中间化在2000年后一直是流通的趋势；c.经营能力，不管哪类企业这部分是决定企业能平衡好资金流与物流的关键，主要靠三件法宝，a)基础数据管理与经营分析，基础数据管理薄弱平衡物流资金流无从谈起，基于历史数据与分析建立预判能力；b)经营计划体系，凡事预则立不预则废，有无计划、计划执行好差对企业的影响太大了，会造成时间差、成本差、质量差，环节间衔接好不好首先看计划；c）团队执行能力，大家思路需要统一、激励机制得到位，必要的能力培养和管控不能缺位，团队决定一切。