因为微生物学在现代生命科学研究中一直处于前沿地位。
首先，生命活动的基本规律，大多数是在研究微生物的过程中首先被阐明的。例如，利用
酵母菌的无细胞制剂进行酒精发酵的研究，阐明了生物体内糖酵解的途径。
其次，微生物学为分子遗传学和分子生物学的创立、发展提供了基础和依据，而且是它们进一步发展的必要工具。举例来说，
DNA双螺旋结构的确定，遗传密码的揭露，中心法则的建立，RNA逆转录酶的发现，以及
基因工程的诞生，都是用微生物做实验材料的，其实验方法和指导思想也都与微生物学密切相关。再如，基因工程中的第一个限制性内切酶是从大肠杆菌中发现的，人们获得的第一个基因——乳糖操纵子的部分DNA，是从大肠杆菌中分离出来的……如今，微生物学已成为分子生物学的三大支柱(微生物学、
生物化学、遗传学)之一，可以说没有对微生物的深入研究也就没有今天的分子生物学。
第三，微生物学是基因工程乃至生物工程的主角。基因工程实质上是体外切割和重组DNA片段的过程，而其中所需的供体、受体、载体及工具酶，大都要由微生物来承担和完成。生物工程包括基因工程、发酵工程等四大工程，要使生物工程转化为生产力，发挥出巨大的经济效益和社会效益，微生物是主角。这主要是因为微生物不仅可以在工厂化的条件下进行大规模生产，极大地提高了生产效率，而且还具有节约能源和资源、减少环境污染等优越性。
第四，微生物的多样性为人类了解生命起源和生物进化提供了依据。微生物的多样性，归根到底是基因的多样性，它为研究生命科学提供了丰富的基因库。通过比较研究真核生物和
原核生物的线粒体DNA，人们意外发现它们的遗传密码不同，从而对生物进化的共生学说提出了挑战。通过对16SrRNA的研究，人们发现了古细菌，并提出了生命起源的三原界系统，即古细菌原界、真细菌原界和真核生物原界。这说明微生物在生物的界级分类研究中占有特殊地位。
第五，微生物学是整个生物学科中第一门具有自己独特实验技术的学科，如无菌操作技术、消毒灭菌技术、纯种分离和克隆化技术、原生质体制备和融合技术及深层液体培养技术等。这些技术已逐步扩散到生命科学各个领域的研究中，成为研究生命科学的必要手段，从而为整个生命科学的发展，做出了方法学上的贡献。
微生物学对生命科学的贡献将会不断延续。例如，1982年，美国微生物学家普鲁西纳发现了一种病原体，是一种毒蛋白，有人称之为
朊病毒。虽然朊病毒只有蛋白质而无核酸，但由它引起的疾病可以遗传、传染。这一发现震动了生物学界，因为它与中心法则是相违背的。普鲁西纳因此获得了1997年的
诺贝尔医学和生理学奖。可以预料，关于许多生命之谜的探索很可能在微生物的研究中获得突破。