1、主角不同：《魔法禁书目录》的主角是上条当麻；而《某科学的超电磁炮》的主角是御坂美琴。
2、主次关系不同：《某科学的超电磁炮》是《魔法禁书目录》的外传，也就是说《某科学的超电磁炮》的背景是在《魔法禁书目录》之下。
3、主要背景不同：《某科学的超电磁炮》从名字就可以看出来，主要的是学园都市的“科学背景”；而《魔法禁书目录》主要讲的是“科学”与“魔法”的碰撞。
扩展资料：
《魔法禁书目录》世界观：
在《魔法禁书目录》的世界中可以划分出成好几个不同的团体，其中包括：从很久以前开始，就以各种形式对世界舞台造成影响，能处理超自然、神秘、奇迹的集合体——魔法阵营；从很久以前就已经存在，但实际上到了近代后，存在感才急剧增加，改写世界常识的——科学阵营。
以及同时受到双方强烈影响，却没有特别感觉到双方存在 的世界——一般民众。
科学阵营：
【学园都市】占据东京都的三分之一（将东京西部占据，并占有埼玉县和神奈川县一部分的圆形城市），居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市。分为23个学区。和外部隔离，拥有领先世界20~30年以上的最尖端科技。所有学生都接受超能力开发。
由“统括理事会”全权管理。为防止技术、超能力者外泄，对人口进出有严格的限制。都市不存在警察，取而代之的是从学生中挑选出的风纪委员和教师自愿参与的警备员维护治安，甚至可以组织成军队。
【科学结社】学园都市的敌对组织。过去与天井亚雄接触过，所以对“树形图设计者”相当了解 。“残骸”事件中，接受美国的肯尼迪角（位于美国卡纳维尔角的太空基地）派遣计划侵入学园都市夺取“树形图设计者”的核心“残骸” 。接触结标淡希，结果被黄泉川爱穗摧毁。
【反学园都市科学守卫者】背叛学园都市的二十七所协助机构所组成的组织。因为各企业的专门性太高，无法独立经营，所以二十七家企业统合为三个集团 。在东欧巴盖吉城举办“天择者”大赛，最后在“木原”和“捣蛋鬼”冲突后解体。
魔法阵营：
【十字教】
以现实中的基督教为原型。广义的十字教分成很多教派，大体上可以被分为天主教（旧教）和新教两大派别，其中在旧教中拥有最强大势力的是以梵蒂冈为中心的罗马正教、以俄罗斯为根据地的俄罗斯成教、以圣乔治大圣堂为核心的英国清教 。
【罗马正教】
在十字教当中最大宗派，在世界上拥有二十亿信徒，由一位教皇及一百四十一位枢机主教所管理，在一百一十三个国家都拥有教会 。在内部拥有各式各样的派系。罗马教皇是以选举产生，如同“负责世界的管理与运营”的特征所示，经常注意学园都市或其他势力的动静 。
【英国清教】
位于英国的十字教旧教三大派系之一，在狩猎魔女、异端审问、宗教裁判等关于“魔法师”的文化与技术方面特别发达 。十六世纪时英王亨利八世为了对抗罗马正教而在自己的国内设立的独自的十字教系统 ，也是英国的国教。
表面上英国清教的总部设在坎特伯雷座堂，但实际的决策权已经完全转移到圣乔治大教堂 。内部派系林立，势力复杂。虽然是英国三派系的一角，但在英国内部“骑士派”的阶级比“清教派”更高。
参考资料来源：百度百科- 科学超电磁炮S