直接原因是直接导致事情产生结果的原因，比较浅显和表面，是表面上的原因。根本原因是导致那个结果的深层原因，是根源，根本原因往往需要从事物的本质和内在去探寻。就比如情侣在一次吵架后分手，分手的直接原因就是那次吵架，而根本原因可能是长久以来积累的矛盾。
要理解根本原因分析，最简单的方法是考虑常见问题。如果我们生病了并在工作时呕吐，我们会去看医生，让医生找出病根。如果我们的汽车抛锚了，我们会让汽修师找出问题的根本原因。如果我们的业务在某个地区的业绩超出或低于预期，我们会尝试找出原因。
直接原因一般是可以直观的所观察到的。根本原因更多的是时代背景，个人因素等大体笼统因素，间接因素更像是蝴蝶效应一般吧。比方说，我兜里没钱，又很饿，看到一家牛肉饭馆，便吃了一顿霸王餐，被老板吊打。直接原因是看到了一家牛肉饭馆。间接原因是我认为吃霸王餐无大碍。根本原因是我没钱。
要抓住问题的主要方面，也就是抓住问题的重点，而不必太过关注问题的次要方面，在脑子里要有清晰的条理。有一个很火的“5why思考法”，就是让你一步一步不停思考为什么，这样一直提问再去寻找答案，就能找出根本原因，还是拿情侣吵架分手举例。比如情侣中一个男生没有回复女生消息，然后他们俩就吵架了，最终分手了。
用5why思考法来分析他们分手的原因，①他们为什么分手？因为吵架。②他们为什么吵架？因为男生没有回复女生消息。③为什么男生没有回复女生消息并且导致吵架呢？因为他可能是玩游戏没看见，也可能是看见了没回。再结合以前类似的情况，女生就会胡思乱想再加上可能本来她自己敏感多疑，导致了后来的局面。这样用5why分析法问三个问题就基本可以知道分手的根本原因了。那如果没有思考这样的根本原因，可能就仅仅会认为这一次小吵架导致了两人的分手。总结来说，找到根本原因需要不断深入思考，直至找到问题的本质和核心。