莉莉丝不是使徒吗？使徒不是人类的敌人吗？那灵魂是莉莉丝的凌波丽，怎么还操纵零号机帮人类，对付其他使徒？她是被人类洗脑了还是被人类设置了摧毁装置（人类可以通过其轻易摧毁她）。她不得已才和人类合作成了人类实际上的奴隶。
最后，最重要的问题。凌波丽在死了三次后，如果能够恢复莉莉丝所有的实力，记忆和思维方式，性格习惯。并且三个凌波丽的记忆的大部分（凌波丽的记忆无法完全保留）也存在于这个凌波丽之中。她会帮人类还是会和人类为敌？
使徒不是人类敌人和人类是合作关系。人类还派联合国军那坦克飞机火箭导弹轰人家，打不过，就排什么什么号机跟人家打。
使徒不是敌人，人类为什么要这么对人家？为什么一听说，一看见有使徒出现。就如临大敌的样子？为什么要把莉莉丝的身体钉在十字架上？人家再生复原身体，还阻止人家复原。有这么对待和合作者的吗？
你好好看我的回答嘛
凌波丽是莉莉丝的类似于监视者或是分身，与“知情的人类”保持着合作关系，是自愿的。
3-17使徒作为特别的存在，“想要与接近莉莉丝从而引发第三次冲击”这是大部分人类对使徒的看法（包括联合国军），所以把使徒当做怪兽的人类会想要攻击他们，而知情者们为了完成人类完补计划要把在初号机作为“钥匙”觉醒前出现的使徒消灭，使徒只是死海文书上规定的令初号机觉醒的炮灰而已，换句话说，3-17使徒想要净化世界而接近莉莉丝引发第三次冲击，要把他们一个不剩地杀死则完成了“将特殊的生命回归为意识”的任务，因为使徒是生命之果的持有者，只有杀死他们才能将其回归为人类的意识，而灵魂分离出来的莉莉丝作为第三次冲击的引发者就有可能提前引发第三次冲击，必需限制她的无钥匙行为，把她作为吸引使徒的目标，莉莉丝的灵魂凌波丽不会消灭，她的钉在十字架上的身体又不会受伤，知情的人类和使徒是有着共同的目标的合作者。
你的逻辑，或者是这动画片的逻辑真强大。攻击人家，把人家消灭。这还不叫和人家敌对。用你的原话是“使徒不是人类的敌人”（引号里可是我复制你的话粘占的）
把人家都钉到十字架上，你居然说（或者动画片）不会受伤。就是莉莉丝会再生，也会疼吧。就算连疼都不会。那也是严重限制人家行动自由。这是对待有合作关系的伙伴的做法和态度——限制行动自由！（并且非常有可能伴有剧烈的疼痛，那可是肉身被钉在十字架上！）
再给你科普一下吧！
新世纪福音战士，是一部富有血腥暴力色彩的科幻作品，在动漫界有着“神作”的美誉，不仅剧情优秀，它所阐述的少年们和大人们行为思想都具有强烈的宗教色彩，它所表露出的极端思想曾遭到社会抨击，后续作品中出现比较不适于未成年人的内容，TV作品中有一部分剧集在国外遭到禁播，后来1997年上映了2部剧场版《死与新生》与《The End of Evangelion》（又名《Air/真心为你》）才将tv版中暧昧不清的结局大白于天下，以下为复制来的资料：
《新世纪福音战士》最开始注重描写战斗场景和人物对话，随着情节推移，故事逐渐变成对人物内心世界的精神分析式的叙述，尤其到TV最后几集时表现得尤为明显。《EVA》那革命性的强烈意识流手法，大量宗教、哲学意象的运用，在日本社会掀起被称为“社会现象”程度的巨大回响与冲击，并成为日本动画史上的一座里程碑，同时被公认为日本历史中最伟大的动画之一。
因此如果你想要真正看懂《新世纪福音战士》请不要把在部作品只当做一部动漫来看，你需要接受其中的宗教、哲学思想，还要配合冷静的逻辑思考和推理，才能体会它的价值。
所以，之前的回答对你来说无论如何都只是我的个人思想吧
那么你可以去自己体会，再得出你能接受的答案吧
顺便回答你的问题吧：
其实你可以吧莉莉丝看成《三国演义》中的黄盖,而人类是周瑜，双方为了同一个目标而制定的“苦肉计”，这是净化世界的代价！
谢谢
既然她和其他使徒是对立的存在，为什么她刚出来，人类还要把她的身体炸碎。为什么把她残破的身体钉于地下最深处Terminal Dogma中央教条十字架，并且在起生长回复过程中，在第14 话用零号机将朗基努斯之枪插在人家胸前以抑制其成长。
追答因为想要发动第三次冲击，完成人类补完计划 ：身为莉莉丝的灵魂容器的绫波丽回归了莉莉丝体内，使得莉莉丝觉醒并发动了第三次冲击，所有的生命都回到她体内，变成一个以整体形式存在的生命体。