发芽的土豆可以扔掉，最好不要食用。
土豆保存不当的话，就会导致发芽，土豆一旦发芽，在它的体内就会产生一种生物碱。这种生物碱被称之为龙葵素，是马铃薯发芽、变绿、溃烂后产生的一种有毒物质。是一类有毒的甾体糖苷生物碱，分为α、β、γ三种，毒性较强，马铃薯植株和块茎中主要是茄碱和卡茄碱两大类。
每100g鲜重马铃薯中茄碱含量，嫩芽高达500mg，外皮达30~64mg，全块茎（去芽及去皮后）约7.5~10mg。成熟的马铃薯中龙葵素的含量较低，可以安全食用。而未成熟的或因贮存时接触阳光引起表皮变绿和发芽的马铃薯中含有大量的龙葵素，不能食用。
去除方法
马铃薯及其制品中的龙葵素含量与光照条件、储藏时间、储藏温度、空气湿度、氧气浓度以及二氧化碳浓度密切相关，在光照的条件下，马铃薯及其制品中的龙葵素会快速合成，其含量比没有光照的条件时增加将近1倍。此外，增加储藏时间，升高储藏温度、氧气浓度以及二氧化碳浓度，马铃薯中的龙葵素含量都会增加。
因此，最好将马铃薯储藏在干燥、通风、低温的条件下，一般储藏温度在4℃左右比较适宜。同时，在采购、贮存、加工马铃薯时要按规范进行。在食用马铃薯时，削好的马铃薯需要放入冷水中浸泡40分钟左右，以使剩余龙葵素溶于水中。
以上内容参考：百度百科—龙葵素
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