福建工程学院理科著名院系是：土木工程学院、建筑与城乡规划学院、机械与汽车工程学院。土木工程、工程造价、电气工程及其自动化是国家级特色专业，材料科学与工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、车辆工程、通信工程、计算机科学与技术等专业也是理科中极好的专业。
福建工程学院是福建省重点建设高校、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”全国61所试点高校之一。学校溯源于1896年清末著名乡贤名士林纾、清末宣统帝溥仪帝师陈宝琛创办的“苍霞精舍”，解放前为享有盛誉的福建高工、建专。
校友遍及海内外，在建筑、机械、电子电气等各行业做出不凡贡献，素有福建“建筑业的黄埔军校”、“机电工程师的摇篮”美誉。2010年以优异的成绩通过教育部本科教学评估调研，2013年2月，增列为福建省重点建设高校，2013年7月，获批硕士学位授权单位。
传承“大机电、大土木”优势，构建服务海峡西岸经济区建设的五大专业群，即装备制造业、电子信息和高新技术产业、建筑类产业、交通运输和物流业、文化产业专业群。学校设机械与汽车工程学院、信息科学与工程学院、土木工程学院、建筑与城乡规划学院、生态环境与城市建设学院、管理学院、法学院、人文学院等13个院系（部）及继续教育学院，设有50个本科专业。另有4个经省教育厅批准成立的“校企合作”办学机构：国脉信息学院、软件学院、海峡工学院、国际学院。全日制在校生26691余人。
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