一、两者征管税种不同：1、增值税；2、消费税；3、进口产品增值税；4、铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税；5、中央企业所得税；二、管理的体制不同。
首先，介绍一下我国的税务管理体制
一、税务管理体制的概念：在中央与地方，以及地方各级政府之间划分税收管理权限的一种制度。
二、分税制下的税务管理体制
分税制的概念：在划分中央与地方政府事权的基础上，按照税种划分中央与地方财政收入的一种财政管理体制。
我国的分税制改革：上世纪九十年代，为了建立社会主义市场经济体制，进一步理顺中央与地方的财政分配关系，更好地发挥国家财政职能作用，增强中央的宏观调控能力，我国开始分税制改革。1994年我国分税制改革实施，即：按税种划分中央与地方收入，分设国税局和地税局两套税务机构。
三、我国税务管理机构设置及其职能划分
税务管理机构的设置：国家税务总局是我国税务管理工作的最高职能机构，代表国家实施税务管理的职能。其下，按税种分设国家税务局和地方税务局
税收征收范围的划分：
3. 2016年全面营改增后，营业税退出历史舞台。
其次，国税与地税的区别(1)
国税和地税都是我国的税款征收主管部门，只不过是国家出于财政管理等方面的需要，按照税种管辖权不同人为划分的两套机构。
国家税务局系统实行国家税务总局垂直领导体制，编制、经费、领导干部等审批由上一级国税局领导；地方税务局实行垂直和平行双重领导体制，即：业务主要受上一级地税局领导，人事、经费等受本级人民政府领导。
目前比较特殊的是：西藏只设国家税务局，上海国地税合署办公，其他地区均设国地税两套班子。
最近中央审议通过《深化国税、地税征管体制改革方案》，明确提出在国地税机构分设的基础上，加强国地税合作，为纳税人办税提供便利。
对于绝大多数纳税人来说，尤其是营改增之后，基本都是属于国地税共同管理的，所以在办理登记之后，要分别前往国地税进行报到、税种认定，并履行后续的申报纳税义务。
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