随着增值税发票管理新系统的全面推行，具备了取消增值税发票认证的基础条件。2016年3月起，税务总局决定取消纳税信用A级纳税人发票认证，5月起扩大了取消发票认证的纳税人范围。相应地，需要对红字专用发票开具规定中与发票认证相关的内容进行修订。自2016年7月1日起货物运输业增值税专用发票停止使用，需要废止原开具红字货运专用发票的相关规定。为进一步规范增值税管理，方便纳税人发票使用，税务总局发布《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》，以完善红字发票规定、优化红字发票开具流程。
自2016年8月1日起，增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称专用发票）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按以下方法处理（1）购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统（以下简称新系统）中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》），在填开《信息表》时，不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。专用发票未用于申报抵扣、发票联或抵扣联无法退回的，购买方填开《信息表》时，应填写相对应的蓝字专用发票信息。
销售方开具专用发票尚未交付购买方，以及购买方未用于申报抵扣并将发票联及抵扣联退回的，销售方可在新系统中填开并上传《信息表》。销售方填开《信息表》时，应填写相对应的蓝字专用发票信息。
（2）主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。
（3）销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。
（4）纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。
税务机关为小规模纳税人代开专用发票，需要开具红字专用发票的，按照一般纳税人开具红字专用发票的方法处理。
纳税人需要开具红字增值税普通发票的，可以在所对应的蓝字发票金额范围内开具多份红字发票。红字机动车销售统一发票需与原蓝字机动车销售统一发票一一对应。