佩戴耳塞收听MP3配置的耳塞式耳机被直接塞进耳朵里，能将声音信号提高9分贝，时间长了会对耳膜造成伤害。而还有为了追求强劲低频，很多耳塞使用长长的笛管式低音谐振和防漏音设计，并把耳塞的外形与耳朵的形状相配合，使耳塞与耳孔贴紧，直接利用耳朵的耳道作为低音共振腔，这样就能听到更强劲的音乐。从技术上说，这当然是一种巧妙的设计，但它对耳朵带来的伤害是极为严重的。短期使用时，由于人体具有的修复功能，造成的影响还不大。但是长期使用，无疑会造成严重的听力损害。现在一些厂家也尽量迎合国内消费者的偏好，现在还推出了所谓的“特重低音”耳塞，用一个凸型的薄膜集中了声音能量对准耳孔，以增加低频效果。使用这些耳塞，无疑会造成更严重的伤害。
保持耳套的洁净让你的耳机密封性更好。而最关键的，没有比定期清洁耳朵更能保持耳套洁净的方法！通用的入耳式耳机：一旦耳套的导管和耳机的导管松弛，就丢掉耳套吧，然后清洁一下导管换上一个新的耳套。如果耳机的一侧或者双侧都不出声或者音量变小，就应该及时更换滤网（见注释1）或者是用指定的工具清洁导管。定制的入耳式耳机：用面巾纸清洁一下丙烯酸的塑料壳，然后确保每次使用后，导管里没有被耳垢阻塞。在必要的时候也需要清洁耳套和线材（至少一月一次）。如果你经常使用入耳式耳机，则需要更频繁地清洁线材和耳套，特别是会和你皮肤接触的那部分线材。这样一来减少皮脂对线材的影响，也因此保证了线材的使用寿命。请勿使用酒精类清洁剂或者是含有漂白成份的产品。一块尼龙布、一块肥皂就足够了。清洁耳套时，先将它从入耳式耳机上取下来。你可以这样来下耳套：用拇指和食指捏住耳套，轻轻旋转把耳套从导管上取下。不要硬拉、拽耳套，这样有可能会撕破它。请记住，入耳式耳机的线材，就像所有的线材一样，最终都会发硬、开裂。当然，你对它的关心越多，其寿命自然也会越长。不过，不同的厂商使用的线材质量也不相同——有些看起来柔弱实际却很结实，而有些看起来结实却很容易开裂。长远考虑，“可更换”的线材要比“不可更换”的线材更好，而且有时候更换线材可以改变音质表现。清洁入耳式耳机的外壳和导管表面的油垢时要仔细小心，切勿让任何水分进入导管内。如果水分真的进去了，这可能会影响耳机正常工作。如果水分确实导致一侧或双侧耳机音量下降，请将入耳式耳机从平时置放他们的容器里取出来，放到干燥、通风的地方，24-48小时之内，湿气就自然挥发掉了。
长时间收听有些用户听MP3的时候，听到自己的喜欢听的歌曲总是喜欢一次听个够。听MP3要讲究劳逸结合，长时间听MP3会造成耳朵压力过重造成耳朵超负荷工作，致使听力下降损害健康。一般情况下根据所收听MP3音乐的类型的不同，长短也有不同。过分激烈的音乐，比如摇滚、快速流行音乐、大动态交响乐等，1小时左右应该休息一下，也就是听一张CD的长度应该休息15分钟左右。轻音乐，人声，较慢的流行音乐等可以100分钟左右休息一次。当然根据耳塞耳机器材的不同时间也有变化，上面说的时间是标准耳塞的长度，插入耳道的密闭式耳塞应该减少20%的时间，而耳机可以适当的增加15%左右的时间。
