现有知识科学、信息科学和材料科学三个研究院。知识科学学院包括社会知识,知识媒体,系统知识三个专业，跨学科广泛招收文理科学生。信息科学学院有理论情报科学，人间信息处理，计算机系统与网络，软件科学，人工智能五个专业方向，跨学科广泛招收软件，理工类学生，该校在计算数学，数理理论领域位居世界研究的最前沿。材料科学有物理，化学，生物工程等专业，在生物工程，纳米技术等领域享誉世界。
下图是该校王牌专业情报科学研究科在日本全部高校中的研究实力为例：
其中软件方向排在全日本第五，高校第四（东京工业大学有两个部门进入前三）
前四位分别为东京大学，东京工业大学·工学部，东京工业大学·理学部，京都大学
人工智能方向排在全日本第六，高校第四
前五位分别为“日本政府经济产业省产业技术综合研究所·电子技术综合研究所”，NTT通信科学技术研究所，京都大学，东京工业大学，东京大学；前两名性质类似于中国政府旗下的中科院与企业化的中国电信，高校中JAIST同样排名第四
计算相关和基础理论，排在全日本第四，高校第四
前三位分别为东京工业大学，京都大学和东京大学
从综合榜单考虑，日本情报学科的最前沿研究，基本被东京大学，京都大学，东京工业大学和北陆先端科学技术大学院大学这四所大学院所占据
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