艾比湖湿地保护区周边已经建起14个管护站，负责进行艾比湖周边的巡护工作，但由于艾比湖地处偏远，交通不便，管护站人员的招聘工作比较困难。
“尽管做了很多努力，也遇到很多困难，但艾比湖生态保护的根本问题仍是缺水问题。” 自治州委员会常委王新和表示。
艾比湖平均水深仅1.4米，对入湖水量十分敏感，每增减1亿立方米入湖水量，湖面即增缩80平方公里。2007年，由于全疆普遍性干旱，一度有所扩大的艾比湖湖面又出现萎缩现象，湖底裸露区仍在扩大，沙尘暴天气又有所抬头。
为了维持艾比湖现有湖水水面，博州每年节水2000多万立方米，竭尽全力保证每年6亿立方米入湖补给水量。但随着社会经济的进一步发展，博州水资源将日益紧缺。王新和无奈地说：“博州的有限水资源，远远无法满足艾比湖每年的补给量。目前的局面对博州社会经济实现可持续发展，人口、资源、环境的和谐共处形成了巨大压力。”
据初步测算，要对干涸的湖底进行注水全覆盖，对周边盐漠进行生物治理，必须在现有补给量的基础上，再增水10亿立方米。
2004年起，新疆启动了艾比湖流域人工增水工程，在艾比湖流域的主要河流博尔塔拉河上游聚水区建立山区人工增水作业区。在每年冬季（12月至次年3月）和夏季（6月至8月），用火箭、高炮发射催雨弹，增加降水，补给入湖水量。该工程一期投资2000万元，将于2010年前完成。
“艾比湖流域上空含有丰富的气态水，引来‘天上水’，将有效补给艾比湖的水量。”自治区气象部门有关负责人介绍道。
“从长远来看，要在保湖战役中取得胜利，还需要将调水工程提上议事日程”，王新和呼吁，通过跨流域调水，增加艾比湖入湖水量，扩大湖面，提高湖滨地下水位，维系和发展现有湖滨植被。“就目前来看，艾比湖生态恶化速度远远大于治理改善速度，艾比湖流域的保护工作必须动员社会各界力量，实施跨地区跨行业协同作战。”
