第二次世界大战爆发后，
佛朗哥面临着是否参战的选择，这也是对他的统治的严峻考验。在整个大战期间，佛朗哥一直周旋于两大集团之间，看风使舵，利用英、美与德、意之间的矛盾，从中捞取好处。英法为了阻止佛朗哥靠近
轴心国，不断地在经济上援助西班牙，以拉拢西班牙在大战中保持中立。佛朗哥考虑到西班牙的国力不强，同时也害怕德、意控制自己，在大战初期，有意地疏远轴心国。例如，在一次
马德里盛大阅兵典礼上，由于佛朗哥故意把准备要出席的德国元帅
戈林的名字排在法国驻西班牙大使
贝当的后面，使这位早已将自己的指挥棒、元帅服送到马德里以施威摆阔的戈林受屈受辱，最后，放弃到马德里参加观礼。大战期间，佛朗哥宣布西班牙为中立国，游离于交战双方之外，时而靠近德、意，时而为英、法叫好。当德、意力促西班牙加入轴心国参战时，佛朗哥谨慎地予以回绝，他委婉地给德国外长里宾特洛甫写了一封长信，意思是说如果德国能拿出一个德、意必胜的证据来，酉班牙马上加入德、意集团。
然而，到1940年上半年，由于德国横扫西欧，连连获胜，热衷投机的佛朗哥保持中立的立场开始倾斜，他希望趁机收回被英国人控制两个多世纪的
直布罗陀。6月，佛朗哥突然出兵占领丹吉尔。当时丹吉尔是由德、意、英、法四国共管的地区。佛朗哥在采取这一
军事行动以前，只通知了德、意，而没有通知英、法。随后佛朗哥又提出收回直布罗陀的口号。
1941年6月，
希特勒进攻苏联，佛朗哥被希特勒的胜利冲昏了头脑，表示完全支持希特勒的行动，并请求德国允许西班牙长枪党志愿军参加对苏战争，以报答1936～1939年间德国给西班牙兄弟般的援助。此时，佛朗哥仍留有后退的余地。对外，他只是宣布西班牙由中立国转变为非交战国，对德国，他强调“西班牙派志愿军并不等于站在德国一方参战。实际上，佛朗哥组织了一个由长枪党员组成的“蓝色师团”，穿上德国军队的服装，开赴苏联作战。到1943年，佛朗哥眼看轴心国取胜渺茫，马上又调整西班牙的外交政策，宣布西班牙由“非交战国”恢复中立，并下令召回在苏联作战的“蓝色师团”。
第二次世界大战结束后，佛朗哥在国内仍推行其恐怖统治。对长枪党以外的党派，尤其是共产党、社会党党员，大肆搜捕、关押，甚至处死，而且还使用阉割刑和
绞刑（直到1963年才取消）。佛朗哥的这种恐怖暴虐统治，引起世界范围的强烈不满。1946年12月，联合国通过决议，建议所有联合国成员国从西班牙召回大使，决定只要西班牙保持现行制度，今后就不接纳西班牙为联合国会员国。面对这种国际孤立的局面，佛朗哥宣布实行闭关自守的孤立的经济政策，在国内开展仇视犹太人和一切外国人运动，禁止在公共场合悬挂写有外国字的招牌，鼓励使用本国产品。1947年，佛朗哥又签署《国家元首关于国家元首职位继承法》，宣布西班牙为立宪王国，规定佛朗哥有指定国王继承人，罢免国王继承人的权利。