1、从事的工作不同。
支农是支援乡镇基层农业生产工作，主要从事涉农产业(种植业、养殖业、深加工等)建设工作 。扶贫支援乡镇基层扶贫攻坚工作，主要从事与农村脱贫致富相关工作。
2、用人单位不同。
支农对口单位是农业局 ；扶贫对口单位是扶贫和移民办。
3、工作地点不同
支农一般在乡、镇政府工作，也可能分到农科站、农经站、农机站或农业综合服务中心等地。扶贫一般在乡、镇政府工作，还会下到村里工作。
4、概念不同。
“三支一扶”，是指大学生在毕业后到农村基层从事支农、支教、支医和扶贫工作。支农是支持农村工作，包括农村的管理、计划生育、农村的规划建设等等工作。扶贫是帮助贫困村、贫困户脱贫致富，包括具体的脱贫的项目，计划，实施等等工作。
参考资料：百度百科-三支一扶
三支一扶的支农岗主要有农村科普宣传工作、计生工作和出纳工作。
科普宣传工作有联系上级农业部门的专家到基地现场进行技术指导或者开通远程视频课堂来为农民兄弟远程讲授农业知识，还有利用自己所学知道以及结合网上查阅相关资料，印制发放农业生产知识手册。
计生工作较难开展，而计生工作又是基层工作的重中之重。每个月准时收集每个村居育龄妇女变动的信息并及时更新系统数据，同时通过联系各村居的计生协管员及时了解当前外出务工的流动育女的信息，并及时采集信息录入管理系统中。
出纳工作，要严格执行现金管理和结算制度，定期向会计核对现金与帐目;及时地完成干部、职工工资和其它相关经费的发放工作;坚持账务手续，严格审核发票报帐(发票上必须有经办人、证明人、领导审批方可报帐)，对不符合手续的票据绝不付款。
三支一扶的扶贫岗一般是分配到乡镇或者街道的社保所（当然也有少部分直接留在县区的人社局工作的），但是乡镇（街道）一般会根据现有的人员情况进行调整。
乡里的扶贫站要兼社保所的工作，现在扶贫工作是乡镇的中心工作，所以工作量和工作压力也还是挺大的。三支一扶扶贫岗人员从事哪方面工作或者在基层还是县局，这决定着你之后两年的工作和生活。