以下为火影忍者主线剧情大致划分：
1~25，27~51，53~58，60~96，98，100，107~135，221~276，292~309，333~363，372~389，392~395，417~442，463~476，481~490，492~498，502~503，516~522，541~546，548~566，582~595，598~608，611~613，634~635，637~641，671，688，690
拓展资料：
1.佐助的抉择:鼬希望通过一种新的力量让佐助完成写轮眼的升级，那就是--仇恨。但是仇恨却改变了佐助的人生观。他生命的第一段以杀死鼬为目标而冷血，后一段为给鼬复仇而嗜杀。到目前为止，佐助人性的冷酷程度已经超越了前人甚至是斑。但是依然有一丝微弱的火苗在燃烧着，在给他心灵角落提供者点滴的温暖，那就是第七班的回忆。诅咒无法去除，即便是鼬花了那么大的心血。要去除诅咒，只有召唤外道魔像，从故事的起点修复错误。于是佐助面临着最艰难的决定：不辜负哥哥和历代宇智波精英的付出收集九尾完成外道魔像的召唤，还是念及旧情，保住九尾并因此保住鸣人.
2.鸣人的抉择:鸣人的忍者生涯都是和佐助紧紧缠绕着的。这个唯一给过他兄弟感觉的男孩子一直没给他相应的回报，不过他却矢志不渝。最初的动机是为了追回佐助，像别的班级一样，组成优秀团队;后来为了自己心爱的女人不再痛苦，而要玉成一段姻缘;最后是看懂了佐助极端痛苦的内心而要完成对其灵魂的救赎。但是所有这些，鸣人预计的代价都是打败强大的佐助并把他带回木叶。但是直到他了解到，原来要彻底拯救佐助，只有自己付出生命。
3.小樱的抉择:两个优秀的男孩子，哪一个都是她放不下的。所以她不可接受的就是看到他们之间自相残杀。于是她做出了亲手杀死佐助，并因此保证鸣人平安的决定。这是因为前者是她用生命去爱的人，后者是她用生命去关心的人。但是事情的发展是她无力控制的--她看到了鸣人死在佐助面前的可怕局面。尽管鸣人是主动受死的，尽管佐助只是误伤，尽管这一切的发生都只体现出了爱，而没有仇恨--小樱也做出了自己的抉择--她启动了生命疗法。当鸣人醒过来之后，当他看到佐助的回归之后，无上的快乐迅速包围了他，然而却不见了小樱。卡卡西瘦削的身影静立在夕阳的雾霭当中，依然掩盖不了肩膀的耸动。“她说你们两个要相互爱护，因为那就是她不断爱着你们两个的方式。”
和我们的世界一样，忍者的生活也被酸甜苦辣所修饰，就拿主人公来说吧，鸣人的生活中充满了心酸，从小不被人们所接纳，孤独伴随着他成长，直到他被他的老师，伊鲁卡，接纳，从此，他又有了佐助，小樱，卡卡西老师，鹿丸，很多好朋友，而且在自来也的帮助下学会了使用九尾的力量。不断进取最终成为了很了不起的忍者。
上面的人物大都活灵活现，人物的性格，很是逼真，故事情节也被描写的有声有色，合情合理，好像真的有似的。其中上面的，个个村子的战争就像现实生活中国家之间的勾心斗角一样，相互暗算。讽刺了我们现实生活中的人们，表面上看起来和平，但是，暗地里互相算计，都不希望别人过的比自己好。
第二部（火影忍者疾风传）
221 归乡 222 晓之始动 223 修行的成果 224 砂之人柱力 225 作为风影 226-227 艺术乃爆炸也! 228-229 卡卡西班出动! 230 封印术·幻龙九封尽 231 医疗忍者的弟子 232 隐居婆婆的决意 233 命中注定的相会 234 鸣人的成长 235 杀手锏 命名为...! 236 人柱力的秘密 237 我爱罗之死！ 238 突入!Button Hook Entry 239 陷阱启动！凯班之敌 240 蝎VS两位女忍者 241 蝎的真面目 242-243 夏之阵 244 三代风影 245 生死的三分钟 246 十机VS百机 247 无法实现的梦想 248 苏醒的野兽们 249-250 吹飞到异空间 251 继承者 252 风影回归 253 新的目标 254 结成！新卡卡西班 255 画蛇添足 256-257新生卡卡西班出阵 258 模拟战斗训练 259 天地桥 260-261 战时已到 262 大蛇丸VS人柱力 263 小樱的眼泪 264 战斗的始末 265 背叛的尽头 266 未完之页 267 潜入！毒蛇的巢穴 268 羁绊 269 宝贵的东西 270 画册讲述的故事 271-272 佐助登场 273-274 木叶新芽 275 旋风 276 蠢动 277 被夺去的睡眠 278 孤独 279 新的敌人 280 有为转变 281 接触 282 队友 283 双玉 284-285 木叶完全封锁 286 黄泉之魂 287 各自的死斗 288-289 红色查克拉！破坏和暴走 290 共鸣 291 朋友啊 292 来自忍者的威胁 293 “晓”的进攻 294 星空之下 295 老僧的祈祷 296-297 大激战！晓VS阿斯玛班 决战 298-299 阿斯玛战死 绝望和恸哭 300 最后的话语 301 噩耗 302 第十班 303 捕捉目标 304 角都的能力 305 可怕的秘密 306-307 继承火之意志 新术爆发 308 风遁·螺旋手里剑 309 力量的代价 310 忍者的决心 311 发现 大蛇丸的巢穴 312 遭遇 313 心灵相通 314 一夜雨 315 双重守护 316 看不见的敌人 317 乱反射的迷宫 318 目标出现 319 狂暴的尾兽 320 雾中 321-322 鸣人VS红莲 323-324 封印大作战 325 结界攻防战 326 红色山茶花 327 同舟共济 328 山茶花的路标 329 咒印的反击 330 罪之记忆 331 被破碎的约定 332 归处 333 大蛇的瞳孔 334 鹰之眼 335 再不斩大刀 336 铁壁的看守人 337 北方据点的重吾 338 结成! 339-340 卡卡西外传 战场上的男孩人生 341 开始行动的人们 342 搜索 343 冲突 344 艺术 345 消失 346 黄昏 347-348 自来也忍法帖 349-350 潜入雨隐村！自来也的决定 351 发动！仙人模式 352 佩恩六道，登场 353 自来也豪杰物语 354 宴会的请帖 355-356 流转的终结！兄弟的再会 357 天照 358 终结 359 阿飞之谜 360 因缘 361 真相 362 云雷峡的战斗 363 八尾vs佐助 364 风来坊 365 禁术的继承者 366 继承者的思绪 367 叛忍的过去 368 闇之继承者 369 别离 370 禁术发动 371 师徒 372-373 鸣人的眼泪！ 重新振作的誓言 374-375 师父走过的道路！仙术修行开始 376 超越师父的时刻 377 木叶袭击 378 信任的力量 379 佩恩vs卡卡西 380 佩恩之谜 381 姓猿飞、名木叶丸！ 382 让世界了解痛楚 383 爆发！仙人模式 384 危机！消失的仙人模式 385 九尾猎捕成功 386 告白 387 地爆天星 388 四代火影 389 两个弟子 390-391 大冒险 寻找四代的遗产 392 相逢 393 佩恩诞生 394 漩涡鸣人物语 395 木叶的英雄 396 新人教师伊鲁卡 397 伊鲁卡的试炼 398 伊鲁卡的决意 399 负责人上忍旗木卡卡西 400 伊那利 受到考验的勇气 401 复仇计划 402 我爱罗 羁绊 403 鸣人 暴走 404 天天班出击 405 动物野地 406 啊~青春的中药丸 407-408 坚毅师徒忍风录 409 佐助的肉球大全 410 鸣人与老兵 411 卡卡西恋歌 412 宁次外传 413 死亡两次的男人 414 最糟糕的二人三脚 415 与第十班的合作 416 前往暗黑的疾驰 417 第六代火影段藏 418 五影会谈前夜 419 五影登场 420 鸣人的请求 421 苦涩的决断 422 疾驰的雷 423 佐助的忍道 424 五影的实力 425 宣战布告 426 小樱的心意 427 尾兽VS没有尾巴的尾兽 428 作为挚友 429 团藏的右臂 430 禁忌的瞳术
071话 古今无双！火影级别的战斗
072话 火影的过失 假面下的面孔
073话 禁术奥义！尸鬼封尽 鸣人VS我爱罗
078话 爆发！这就是鸣人的忍法帖
079话 冲破极限！光明与黑暗佐助VS鸣人
93-96 鸣人学习螺旋丸，三忍对战。
110-134 初期算很精彩的战斗了，是鹿丸小队去追回佐助，其中与五人众的战斗很精彩。最后还有鸣人与佐助的经典战斗！
前135集是必看的，从打再不斩和白，到中忍考试，寻找纲手，追回佐助，每一个环节都非常精彩！136到220就是传说中的百集垃圾，百集外传，和原著一点点关系都没有，火影迷完全受不了，反正我和周围朋友都没看，楼主可以直接跳过看疾风传，也就是221开始，中间有几集是外传，好像310以后到332，那段还可以，反正也是可看可不看，从333到现在就是佐助成立自己小队的集数，一定要看啊~希望对楼主有帮助，百度上有每集的名字，你也可以对照一下取舍
2222话 晓,始动
223话 修行的成果
224-226 迪达拉与我爱罗的对战，我爱罗战败被带走。
240-247 小樱，千代婆婆 对决强大的傀儡师---蝎
249-250 卡卡西刚出场的万花筒写轮眼
259话 天地桥
260话 九尾解放
261-264 天地桥之战 鸣人与大蛇丸 鸣人暴走，显露4条尾巴
297-300 阿斯玛小队对战角都和飞段。阿斯玛阵亡
304-308 鹿丸为阿斯玛报仇，将飞段炸碎埋入土中，鸣人新招风遁螺旋手里剑，秒杀角都。
339-340 番外，卡卡西小时候与带土，琳在四代的带领下参加第三次忍界大战的任务。
342-344 佐助与迪达拉的战斗，迪达拉最后以自爆身亡。
350-353 自来也挑战佩恩，不幸身亡，却带回去重要情报，鸣人随后走上了仙人模式修行的路。
357-358 佐助与鼬的战斗，最后会发现一切的一切，鼬都是一个人承担着，只为了这个弟弟，他是个超级好的哥哥！
363 佐助蛇小队对战八尾
379 卡卡西对战佩恩 最终身亡（不过最后还是复活了）
383-388 鸣人对战佩恩，以一敌六将其全部击败 很精彩（但是387不知出于什么缘故 画质不堪入目，人物都扭曲了，可惜了这一集）
422-424 佐助闯入五影大会与之交手，受重伤，所幸被斑带走疗伤，准备与团藏一战
427 八尾对战干柿鬼鲛，鬼鲛最后化身鲛肌被八尾带走，借此窃取情报
428-432 佐助对战团藏，团藏身亡。
466-469 （469为最近更新）鸣人开始跟着八尾学习控制尾兽，修行中…讲述十年前的故事…很感人很不错…
482 开战！
483 佐井与信
484 秽土转生的秘密
485 与宿敌的再会
486 最初之敌，最后之敌
487 木叶的天才军师
488 各自的激战！
516 鸣人参战！！
517 父亲的心意，母亲的爱
518 终于接触！鸣人vs鼬
519 被认同的人
520 水影与蜃与海市蜃楼
521 矛盾
522 恐怖·蒸危暴威
PS:除了动画原创的那些回忆部分，其他都很不错，建议都看看~AB很会埋坑~本回答被网友采纳
82 写轮眼VS写轮眼
鼬对卡卡西，主要看月读
92 YES OR NO 纲手的回答
93 交涉决裂
94 看招吧，愤怒的螺旋丸？
95 五代火影 赌上性命的战斗（合集）
96 三忍的僵斗
三忍再会篇，精彩程度一般
110-111 木叶五人众+狗狗铜墙铁壁的阵形大活跃 特别篇
112 突然间友情崩坏 鹿丸小队大危机
113 力量全开 燃烧吧 丁次
114 再见了 朋友 但我依然相信你
115 你的对手 就是我
116 视野360度 白眼的死角
117 不能输的理由
118 夺回 迟到的容器
119 失策！新的敌人
120 吼叫吧 咆哮吧 终极合体
121 各自的战斗
122 伪装 男子汉鹿丸 起死回生的赌局
123 木叶的碧绿野兽 登场
124 野兽爆发 跳吧 飞吧 冲吧
125 木叶同盟国 砂之忍者
126 最强的对决！我爱罗VS君麻吕！
127-128 给我停下来 佐助！终于追上了佐助 大爆发
佐助夺回篇，全篇都是战斗，精彩程度不亚于任何一个篇章
131 开眼 万花筒写轮眼的秘密
132 朋友
133 泪的咆哮 你是我的朋友
134 泪雨的终结
九尾对咒印的战斗
223 修行的成果
224 砂之人柱力
225 作为风影
226-227 艺术乃爆炸也!
疾风传新章，风影我爱罗对迪达拉
238 突入!Button Hook Entry
239 陷阱启动！凯班之敌
240 蝎VS两位女忍者
241 蝎的真面目
242-243 夏之阵
244 三代风影
245 生死的三分钟
246 十机VS百机
247 无法实现的梦想
248 苏醒的野兽们
249-250吹飞到异空间
251 继承者
蝎对千代&小樱，卡卡西对迪达拉
296-297 大激战！晓VS阿斯玛班 决战
298-299 阿斯玛战死 绝望和恸哭
300 最后的话语
301 噩耗
302 第十班
303 捕捉目标
304 角都的能力
305 可怕的秘密
306-307 继承火之意志 新术爆发
308 风遁·螺旋手里剑
309 力量的代价
晓的不死二人组对木叶
339-340 卡卡西外传 战场上的男孩人生
342 搜索
343 冲突
344 艺术
345 消失
346 黄昏
佐助对迪达拉，巅峰对决
349~350 潜入雨隐村！自来也的决定
351 发动！仙人模式
352 六道佩恩，登场
353 自来也豪杰物语
自来也对佩恩，超巅峰对决
火影忍者涉及主线剧情的有：
1~25、27~51、53~58、60~96、98、100、107~135、221~276、292~309、333~363、372~389、392~395、417~442、463~476、481~490、492~498、502~503、516~522、541~546、548~566、582~595、598~608、611~613
以上截止时间2018-07-25；
此回答不再更新。
以上基本就是所有涉及到主线剧情的集数了，根据个人主观看法可能略有差异，但是差异不大。
资料拓展
电视动画《火影忍者》改编自日本漫画家岸本齐史的同名漫画，2002年10月3日在东京电视台系列全6局、岐阜放送首播，共220话；第二季《火影忍者疾风传》自2007年2月开始播出，共500话；累计全720话。
故事成功地将原本隐藏在黑暗中，用世界上最强大的毅力和最艰辛的努力去做最密不可宣和隐讳残酷的事情的忍者，描绘成了太阳下最值得骄傲最光明无限的职业。
系列续作《博人传-火影次世代-》2017年4月播出。