云南白药集团前身云南白药长，目前是云南最大的医药企业也是国有控股的企业，旗下的云南白药，云南省药物研究所，天紫红药业均是云南的著名制药企业。
昆明制药集团，前身是昆明制药厂，现在是一家庞大的国有控股企业，现在下辖的昆明制药，贝克诺顿制药，昆明中药厂也都是著名的制药公司。其中昆明贝克诺顿只要是昆明制药与美国ivax合资组建的制药企业。也是云南首家中美合资制药企业。
云南医药工业股份有限公司也是国有控股，旗下有两家全资子公司：云南植物药业股份有限公司和昆明振华制药有限公司；及一家参股公司：昆明积大制药有限公司。这三家都是云南著名的制药企业，其中昆明积大制药有限公司是香港积华药业与云南医药工业股份有限公司合资组建的。
昆明赛诺制药也是国有企业改制，同样是很著名的制药企业。
昆明滇虹药业，中美合资制药企业的典范。
云南绿A生物制药有限公司，算民营的典范吧，这些都是比较大比较著名的。其他的还有盘龙云海，龙润，昊邦等等太多了，说都说不过来的
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