漳州师范学院计算机科学与工程系的研究生教育在2006年取得了重要突破，获得“计算机应用技术”工学硕士点的授予权，并于次年开始接纳研究生。这个系的专业特色显著，是省级重点学科，拥有信息安全与计算机网络的福建省高校重点实验室，还与漳州科华公司合作共建了“福建省计算机应用技术和信号与信息系统研究生教育创新基地”。目前，该系共有8名在校研究生，师资力量雄厚，14名硕士生指导教师中，5位是正教授，8位是副教授，其中有12名教师拥有博士学位，4名在做博士后研究。研究方向涵盖了信息安全、计算机网络、数据挖掘、人工智能、粗糙集理论、小波分析及图像处理和嵌入式系统等多个领域。
为研究生们提供了丰富的课程内容，包括可计算性与复杂性理论、算法设计与分析、高级计算机体系结构等，涵盖了分布式计算、多媒体软件设计技术、高级人工智能、模式识别、现代密码学等前沿领域。目标是培养德智体全面发展的科技工作者，他们不仅要在理论研究上深入，还要掌握计算机科学的实践技能，具备外语应用能力，参与科研项目，为未来的独立研究和新技术开发打下扎实基础。
在导师团队中，粗糙集理论及应用方面的专家有李进金、祝峰、闵帆、李克典等；信息安全领域的导师有黄振杰、周豫苹、郝艳华等；网络技术方面的指导教师有陈协彬、赖春晖等；人工智能和数据挖掘方面，周忠眉和闫格是重要力量；而嵌入式系统方向则由周小方负责；小波分析与图像处理领域则由冯晓霞和沈东升担纲。
毕业生将具备广泛的职业前景，适合在高校、科研院所和企事业单位担任教学、科研、科技开发和高级技术管理工作，同时也具备进一步攻读博士学位的潜力，为计算机科学与技术及相关领域贡献自己的力量。[3]
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