在我国的七大水系中，珠江的水质污染相对较轻。根据国家统计局2006年2月发布的数据，在411个监测断面中，仅有41%满足地表水3类标准，而珠江水系的水质监测断面大多属于这一标准。32%的断面属于4至5类水质，而超过5类水质的断面占比下降至27%。
回顾2003年的数据，在407个重点监测断面中，38.1%的断面达到了Ⅰ至Ⅲ类水质标准，32.2%的断面属于Ⅳ、Ⅴ类水质，29.7%的断面则属于劣Ⅴ类水质。在118个国家级控制断面中，Ⅰ至Ⅲ类水质的断面占53.4%，Ⅳ、Ⅴ类水质的占37.3%，劣Ⅴ类水质的占9.3%。主河流的水质普遍优于支流。
具体到各个水系，海河水系污染最为严重，劣Ⅴ类水质断面超过50%。辽河水系整体水质较差，劣Ⅴ类水质断面占40.6%。黄河水系同样水质较差，支流污染尤为严重。淮河干流以Ⅳ类水体为主，支流及省界河段水质较差。松花江水系以Ⅳ类水体为主。而珠江水系、长江干流及其主要一级支流水质良好，以Ⅱ类水体为主。
综合污染指数显示，2003年七大水系的污染程度由重到轻排列为：海河、辽河、黄河、淮河、松花江、长江、珠江。与上一年相比，海河、辽河和淮河的污染程度有所减轻，而松花江、珠江和黄河支流的污染程度则有所加重。总体来看，七大水系主要受到有机污染，主要污染指标包括石油类、生化需氧量、氨氮、高锰酸盐指数和挥发酚等。
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