一、劳动合同保密协议违约金是否有效?
用人单位与劳动者在保密协议中约定违约金是有效的。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
按照《劳动合同法》第二十五条的规定，除了违反服务期约定、违反竞业限制这两种情形可以约定由劳动者承担违约金外，其他情形，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。在保密协议中约定劳动者违反保密义务时须承担违约金，司法实践中大量的劳动仲裁裁决、法院判决认为相关约定违反了上述强制性法律规定，相关约定无效。劳动者无须支付保密违约金。
用人单位与劳动者签订的保密协议具有一定的独立性，并不严格依附于劳动合同存在，是否受《劳动合同法》的调整，在实务中存在争议。双方签订的保密协议系平等民事主体之间就技术保密事项签订的合同，应受合同法的调整。故支持了原告关于被告违反保密协议须支付违约金的诉讼请求。
二、约定保密条款违约金的方式有什么?
根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接设定违约金，若约定违约金存在被认定为无效的风险。但这并不意味着保密协议中不可约定违约责任，保密协议中可约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。
商业秘密违约金对应的是商业秘密侵权所导致的损失，对商业秘密违约金的约定可以采用两种方式：
一是采用惩罚性违约金约定，可以按照略高于预期损失的方式确定违约金的具体数额;
二是约定因商业秘密违约产生的损失赔偿的计算方式，如因客户信息的泄露造成销售额度的减少，可以销售额的减少数额作为违约金的计算方式。
按照规定，保密协议中不能直接设违约金，如果存在违约金的会被认定为无效合同。商业秘密违约条款中的违约金约定方式有两种，一种是采用惩罚性违约金约定，另一种是以商业秘密违约产生的损害赔偿来计算。