国家公务员医疗补助是为了保障国家公务员参加基本医疗保险后，原有的医疗待遇水平不降低，按照原来公费医疗资金渠道给予适当补助的一种基本医疗保险补充形式。实行国家公务员医疗补助是在城镇职工基本医疗保险制度基础上对国家公务员的补充医疗保障，是保持国家公务员队伍稳定、廉洁，保证政府高效运行的重要措施。各地在实施过程中，要从当地实际情况出发，既要保障国家公务员合理的医疗消费需求，又要考虑各方面的承受能力，注意做好与城镇职工基本医疗保险制度的衔接工作，要加强对国家公务员医疗补助经费的管理，建立完善的规章制度，杜绝浪费。关于国家公务员医疗补助，全国没有统一规定，各地都有自己的规定。以在京中央国家机关公务员医疗补助为例，根据《在京中央国家机关公务员医疗补助暂行办法》的规定，首先，参保人员，即已参加北京市基本医疗保险的以下在京中央国家机关单位的人员，经北京市社会保险经办机构审核并报劳动保障部和财政部批准，可以享受公务员医疗补助：（1）按照《国家公务员制度实施方案》规定，国务院所属部门和单位中属于实施国家公务员制度范围内的工作人员及其退休人员（含1993年以后因机构改革划转到机关服务中心的原属行政编制和行政附属编制的人员，下同）；（2）经中共中央组织部批准列入参照国家公务员制度管理的中央
党群机关，全国人大、政协机关，各民主党派中央和全国工商联机关，以及列入参照国家公务员制度管理的其他在京中央单位的工作人员及其退休人员；（3）经人事部批准列入依照国家公务员制度管理的在京中央直属事业单位的工作人员及其退休人员；（4）最高人民法院、最高人民检察院机关的工作人员及其退休人员。
其次，医疗补助的筹资标准，参照享受医疗补助人员当期实际医疗消费水平、基本医疗保险保障水平和工资收入水平，由劳动保障部、财政部逐年核定，每年第四季度发布下一年的筹资标准。2001年的筹集标准为上一年用人单位职工工资总额的5％。医疗补助经费按上一年确定的筹资标准筹集并列入中央财政当年预算，由财政部统一拨付给北京市财政局，北京市财政局通过社会保障基金财政专户向北京市社会保险经办机构核拨。医疗补助经费用于补助以下开支：符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目范围和医疗服务设施标准，超过基本医疗保险统筹基金最高支付限额以上部分的医疗费用；基本医疗保险支付范围内个人自付超过一定数额的医疗费用；医疗照顾人员按规定享受照顾所发生的医疗费用。医疗补助经费与基本医疗保险基金分开核算、专款专用，并按照收支平衡的原则严格管理。其中，医疗照顾人员的医疗补助经费单独建账、单独管理。
再次，医疗补助的标准。符合本办法规定的医疗费用开支按以下标准给予补助：（1）在一个年度内发生的住院医疗费用（含肾透析、恶性肿瘤放化疗、肾移植后服抗排异药等纳入基本医疗保险统筹基金支付范围的门诊医疗费用，下同）超过基本医疗保险统筹基金最高支付限额以上的部分，5万元以下的部分补助90％，5万元以上的部分补助95％；（2）在一个年度内发生的住院医疗费用，在基本医疗保险统筹基金最高支付限额以下应由个人负担的部分（含个人账户支付部分），退休人员和享受医疗照顾的司局级以上（含司局级）在职人员补助95％，其他在职人员补助90％；（3）在一个年度内发生的门诊医疗费用累计超过1300元（含个人账户支付部分）以上的部分，退休人员和享受医疗照顾的司局级以上（含司局级）在职人员补助95％，其他在职人员补助90％。医疗照顾人员按规定在医疗服务设施、诊疗项目等方面享受照顾时发生的费用超过基本医疗保险规定支付的部分，由医疗补助经费按医疗照顾政策的规定予以补助。在享受基本医疗保险和医疗补助后，个人负担仍然确有困难的，可由所在单位适当给予困难补助。