一、根据分子大小不同的纯化方法
1.透析和超过滤
透析（dialysis）是利用蛋白质分子不能通过半透膜的性质，使蛋白质和其它小分子物质分开。常用的半透膜是玻璃纸或称赛璐玢纸（cellophane paper）、火棉纸（celloidin paper）和其它改型纤维素材料。
2.密度梯度离心
3.凝胶过滤
凝胶过滤（gel filtration，GF），又称分子排阻层析，利用某些凝胶对不同组分因分子大小不同而阻滞作用不同的差异而进行分离的一门层析技术。
其作用机理类似于筛子，是大分子的蛋白质先被洗脱出来，而后是小分子，故又叫分子筛。
凝胶过滤也称排阻凝胶层析、凝胶层析和分子筛层析。它是20世纪60年代发展起来的一种层析技术。凝胶层析的基本原理是利用被分离物质分子大小的不同以及固定相（凝胶）具有分子筛的特点，将被分离物质各成分按分子大小分开，达到分离的目的。
二、利用溶解度差别的纯化方法
1.等电点沉淀和pH控制
2.蛋白质的盐溶和盐析
3.有机溶剂分级分离法
4.温度对蛋白质溶解度的影响
等电点沉淀法是利用蛋白质在等电点时溶解度最低而各种蛋白质又具有不同等电点的特点进行分离的方法。
在等电点时，蛋白质分子以两性离子形式存在，其分子净电荷为零(即正负电荷相等)，此时蛋白质分子颗粒在溶液中因没有相同电荷的相互排斥，分子相互之间的作用力减弱，其颗粒极易碰撞、凝聚而产生沉淀，所以蛋白质在等电点时，其溶解度最小，最易形成沉淀物。等电点时的许多物理性质如黏度、膨胀性、渗透压等都变小，从而有利于悬浮液的过滤。
不同的蛋白质，具有不同的等电点。在生产过程中应根据分离要求，除去目的产物之外的杂蛋白；若目的产物也是蛋白质，且等电点较高时，可先除去低于等电点的杂蛋白，如细胞色素C [1] 的等电点为10.7，在细胞色素C的提取纯化过程中，调pH=6.0除去酸性蛋白，调pH=7.5～8.0，除去碱性蛋白。
由于各种蛋白质在等电点时，仍存在一定的溶解度，使沉淀不完全，而多数蛋白质的等电点又都十分接近，因此当单独使用等点电沉淀法效果不理想时，可以考虑采用几种方法结合来实现沉淀分离。
目的药物成分对pH值的要求。生产中应尽可能避免直接用强酸或强碱调节pH值，以免局部过酸或过碱，而引起目的药物成分蛋白或酶的变性。另外，调节pH值所用的酸或碱应与原溶液中的盐或即将
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