从人类学上讲,日本人分为弥生人和绳文人。
弥生人是指弥生文化时代,又叫弥生时代的原始人,约在公元前3000年-公元3世纪中叶,因代表该时期文化特征的陶器,最初发现于日本东京都文京区弥生町,所以称为弥生人。
日本本土大和人大多是弥生人的后裔,但也有和绳文人的混合体。据估计,绳文人的祖先遗传常染色体dna少于12%。另一项研究估计,东京人的绳文人祖先约占10%。
绳纹人是日本绳纹文化时代的居民统称,绳纹时代是日本指中石器至新石器时代,约公元前16000年以前到3000年前后的时代居民统称,由于制作绳文陶器,谷田部良吉将它翻译为“索纹陶器”,后由白井光太郎改为“绳纹陶器”因此这个时代居民称为绳纹人,绳纹人来源在前期一直是未解之谜的,由于出土绳纹人人骨只有女性保留完整,根据3800年发现绳文女性人骨祖源测试结果显示绳纹人MT-DNA为n9b,其主要集中于北亚尼夫赫和乌尔奇人当中,绳纹男性祖源依然是未知的利用现代较为接近绳纹时代阿依努或琉球人