法律分析：用人单位的规章制度没有违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，违反公司规定扣工资不违法。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。无故克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。
无故拖欠工资是指用人单位无正当理由超过规定付薪时间未支付劳动者工资。不包括：
1、用人单位遇到非人力所能抗拒的自然灾害、战争等原因、无法按时支付工资2、用人单位确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间的最长限制可由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定。其他情况下拖欠工资均属无故拖欠。
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》 第三条 用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。