发票作废后，如果含有税款，可以在法定期限内办理退税手续，到国家税务部门申请退还税款。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，发票作废时如有包含税款的，原则上应当申请退税。具体操作方法如下：1. 登录国家税务总局网站，填写《税收征收管理法》规定的退(抵)税申报表，并提交申请。2. 在规定时间内提交相关证明材料，如纳税人证明、银行转账单据等。3. 审核通过后，税务部门将在规定时间内将退税金额直接退入纳税人指定的企业银行账户中。需要注意的是，办理退税手续前应当重新取得一份新的有效发票，并将作废发票交给国家税务部门。
发票作废后是否可以直接去银行办理退税手续？不可以，退(抵)税申报表必须在线上填写并提交，而且还需提交相关证明材料以供税务部门审核。
企业在发票作废时，应当在法定期限内及时办理退税手续。国家税务部门为代表国家管理税收的重要机构，应当认真做好宣传政策、为纳税人提供服务等工作，加强与企业之间的联系和沟通，保障纳税人权益。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。 居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳铅租税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
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