一．东莞商业产权房40年过户费用如下：
1、登记费
住房，权利人按80元/套；非住房，550元/套。
2、转让手续费
住宅按6元/平方米缴纳，双方各承担50%；非住宅按18元/平方米缴纳，双方各承担50%。
3、契税
首次购买面积90平方米(含90平方米)以下的普通住宅按成交价格的1%缴纳，首次购买90平方米以上，144平方米(含144平方米)以下的普通住宅按成交价的1.5%缴纳。其它全按成交价的3%缴纳。
普通住宅的标准满足以下条件：住宅小区建筑容积率在1.0以上(含1.0)，单套建筑面积在144平方米以下(含144平方米)。
144平方米以上属非普通住宅，按成交价格的3%缴纳。
4、营业税
普通住宅，未满2年按全额的5.65%缴纳，2年外免征；非普通住宅，未满2年按全额的5.65%缴纳，2年外按差额的5.65%缴纳；商业用房按差额5.65%缴纳。
5、个人所得税
个人出售家庭唯一住房满五年免征，其它按差额的20%或是全额的1%缴纳。
6、土地出让金
划拨住宅用地转让的按成交价1%缴纳。
7、印花税
产权证按件贴花每件5元缴纳。
8、工本费
核发一本证书的免交；其它每增加一本证书，按10元/本缴纳。
二、参考资料：人民网
http://house.people.com.cn/n/2014/1122/c164220-26073938.html