美国领事官员曾经在美国独立战争（1775年－1783年）期间向十三个州的公民发放过旅行证件。战争期间的美国外交事务部也曾经这么做过，而且在邦联条例生效期间还继续发放过护照。这种护照只是简单的一页纸，上面写有对持有人的描述，有效期为三到六个月。当时的驻法国公使本杰明·富兰克林参考他见过的法国护照的设计签发了护照。
1789年7月，外交事务部并入依据宪法成立的联邦政府。同年9月部门更名为国务院，负责处理对外关系和发放护照,而且直到十九世纪中期还负责多项国内事务。
从1789开始，其后的几十年里护照不仅是国务院可以签发，也可以由各州和城市发放，甚至是公证人。由国务院以外的官方机构签发的护照不合礼仪而且在海外造成混乱。一些欧洲国家拒绝承认非国务院签发的护照，除非美国领事官员为其背书。这个问题导致了国会在1856年授予国务院独家签发护照的权利.
国际联盟曾召开会议来讨论护照标准化问题，但是没有结果。联合国也曾经尝试这样做。最后在1980年护照标准化在国际民航组织的框架下完成。
1926年，美国引入了 第3种护照。 这种护照的封面是红色硬皮，封面上端有个小窗口可以显示内页的护照号码，它共有32张内页。从1941年开始护照的封面为绿色，直到1976年为庆祝美国建国两百周年封面改为蓝色。
1981年，美国成为引入可机读护照的第一个国家
绿皮封面的护照再次在1993年4月到1994年3月间签发，其中包括一页对 本杰明·富兰克林的特别感谢页用以纪念美国领事服务200周年。
2001年，国务院开始签发使用数码照片的护照。
2005年财政年度，国务院一共签发了10,123,424份护照。
2006年8月14日，国务院开始签发 生物识别护照，它包括了一块射频识别（RFID）芯片，这块芯片存储了有关护照持有人电子版的护照数据（姓名、出生日期等） 以及一张持有人的数码照片。芯片还保留了空间来存储一些额外的数据（例如指纹、虹膜扫描纪录）。
芯片数据可以由阅读器扫描读出，这有助于加快入境处理进程。但是因为芯片无须插入阅读器也可以被读出数据，芯片数据可能被非法读取，这引起了对隐私的担心。类似收费公路上付费时使用的芯片,护照芯片可在接近阅读器时被读取。这一特性使得秘密读取芯片成为可能，例如政府可以藉此追踪个人行踪或是辨别一起罪案中的疑犯。
虽然护照的封面有特别保护，封面合上时数据读取变得很困难，而且芯片有接入控制和加密机制，但是当护照打开时这些特性都会失效，例如当护照放在旅馆、银行或者是一间网络咖啡屋使用的时候。
国务院声称截至2006年底，所有新签发的常规护照将包括这种芯片，但实际上是自2007年8月起实行的。 所有签发的非电子常规护照有效期均至2017年8月1日。2017年8月1日起，所有出境旅行均只承认电子护照。
