A作为代理出口企业，应当向出口企业收取代理费作为收入申报营业税。以1%de 代理费确认代理收入，按照营业税的申报要求进行申报即可。
发生代理业务时，A公司按照双方协商的标准收取委托代理方的代理出口收入：
借：应收账款（其他应收款等）
贷：主营业务收入
代理服务需要交纳5%的营业税，你按照确认的代理费收入计算提取应缴纳的营业税及相关附加：
提取税金时：借：营业税金（主营业务税金及附加）
贷：应交税费-营业税， 城建税、教育附加费、地方教育附加费等等
交纳税款时：借：应交税费-营业税
应交税费- 城建税、教育附加费、地方教育附加费等等
贷：库存现金（银行存款）
追问退税呢？出口发票是A公司出的。报关单上经营单位是A公司，发货单位是B工厂。请问委托方B公司如何退税？A公司在申报增值税了，到时如何操作？
追答双抬头企业（代理出口业务）可由双方任意一方申请退税，如果是自营业务，则谁出口谁退税。
楼主所谓的A公司申报增值税是指的什么？开具出口发票的话，则A公司出口，A公司申请退免税。