塑料杯轻便、加工成本低，某些材质的塑料杯抗冲击性能好，不易破碎。缺点是耐高温性能及耐油性能不好，在储存使用过程中会逐渐老化，寿命有限，某些材质的塑料杯在盛装热水的时候可能会有微量有害物质浸出，另外塑料杯废弃后不容易降解，对环境有不利因素。当然，塑料杯有很多种，其中具体区别也很明显，但既然楼主没问，俺也就不详说了。
纸杯轻便、价格低廉，适合用作冷水杯或短暂使用的热水杯，抛弃之后也容易降解，基本不会对环境产生长期有害的影响。其缺点在于，纸杯通常采用粘接工艺，内壁涂蜡进行防水，但防水蜡层并非毫无缺陷，因此在长时间装水，特别是盛装开水并受到揉捏的情况下，很容易出现蜡层渗水，导致外层浸湿、强度和结构受到破坏。此外，如果选用的防水蜡层耐热性不好，在泡茶或装开水的时候能明显看到水面漂浮一层油膜……
玻璃杯强度好、透明性好、耐酸碱性、耐热性、耐油性好，可以用来装任何饮品。缺点是重量较大、生产过程能耗高、容易碎裂且碎片容易伤人、材质不好的玻璃杯在骤冷骤热时容易破损等。
铝杯质轻、耐热性好、不易破损，适合盛装中性饮品，某些内壁有树脂涂层的铝制容器也可以用来盛装果汁、碳酸饮料、啤酒等具有弱酸性的饮料。但铝是一种两性金属，在酸碱条件下都会发生腐蚀，因此未涂装的铝制容器不适合用于盛装果汁等酸性饮品。
不锈钢杯子让老衲很难吐槽，这玩意儿虽然不生锈，也不容易摔碎，但是没有厂家透露其不锈钢材质的合金类型，所以很难搞清楚长时间使用会不会导致铬中毒……
romanticrosary的答案里有几个明显错误：
1、目前市场上常见的塑料杯有聚丙烯、聚苯乙烯、聚碳酸酯等材质，没有一种是含氯的。泡开水有怪味的极有可能是采用非食品级原料生产的廉价劣质杯子，和氯没有一毛钱的关系。与其担心上述几种材质的杯子中含氯，还不如担心你家的自来水中的氯残留呢。
2、蜡质吸附在胃粘膜上完全是无稽之谈，疏水性的蜡本身就无法黏附在胃肠道上，100％吃多少拉多少，更不要说消化道粘膜本身就是不断更新的了。
3、长期重复使用的杯子都容易脏，其中玻璃材质是最容易清洗的，反而是塑料杯沾了油脂类脏物或某些果汁中的色素后很难清洗，不信的话你拿个乐扣乐扣塑料杯和一个玻璃杯，各装一杯鲜榨胡萝卜汁放一天后对比一下。金属杯子通常是比较容易清洗的，但拉丝表面的如果结垢的话，比玻璃更难清洗。
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