从以下几个方面全面解析
一，股权转让形式
形式上可分：全部转让的，转让人不再是公司股东，受让人成为公司股东；部分转让的，转让人不再就已转让部分享受股东权益，受让人就已受让部分享受股东权益。
二，我国现行法律对股权转让个人所得税的规定
1、股权转让个人所得税征收范围
公司的自然人股东将自己的持有公司的股份转让给其他自然人或者是企业，依法需要就其转让所得缴纳个人所得税。根据2008年3月1日起新实施的修订的《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第二条第九款规定征收个人所得税范围包括财产转让；新实施的《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《实施条例》）第八条第九款规定财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得，第九条规定，对股票转让所得征收个人所得税的办法，由国务院财政部门另行制定，报国务院批准施行。
2、股权转让个人所得税额计算
《个人所得税》第六条第五款规定，财产转让个人所得税的计算方式是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。《实施条例》第二十二条规定财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税；第十九条规定税法第六条第一款第五项所说的财产原值，对于有价证券，是指为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用。那么，什么是合理费用？法律没有明确的规定，一般是指为办理股权转让手续作出的必要开支。《个人所得税法》第三条第五款规定，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。即，股权转让个人所得税额的计算公式为：个人所得税应纳税额=（股权转让收入-本金（原值）-合理费用）×20%。
3、股权转让个人所得税扣缴义务人
纳税人是指税法规定的直接的负有纳税义务的单位或者是个人；扣缴义务人是指法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人。根据《个人所得税法》第八条规定个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。在股权转让交易中，转让方为纳税义务人，而收让股权的一方是扣缴义务人或者是代缴义务人。《中华人民共和国税收征管法》（一下简称《税收征管法》第三十条规定：扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。
综合以上的情况，你公司注册资本100万暂时不清楚所有者权益净值是多少，或者说每股股价是多少（没上市也是有股价的只是不流通而已）暂时按100万股，每股1元来计算，接手公司的人花费4万元得到一个100万的公司，那么他的所得是100万，合理费用为4万，那么个人所得税应纳税额是100-4=96万，应当缴纳个人所得税19.2万。此是标准答案。
另外注册资本100万并不能代表真实的实收资本100万，其中可能涉及抽逃资金等一些违法现象，不要落入陷阱。
追问2011年年末转让的，当时报表上已经亏损一百一十多万，现在税务局要让提供转让费的凭证，这是没有的，请问要怎么处理？
追答税务局查过你的账目没有？为什么会出现4万元的转让费没有收款凭证得事情？这样的事情违反交易惯例，税务局当然有理由认为其中存在舞弊。你可以详细咨询专管员，请教他如何处理这个事情，最好能得到相关分局局长的指示。现在的公司交易虚假交易很多，关键看税务局怎么认定。像你这样的情况时间很长了1年多，又有很多疑点，最好先和税务局沟通好，避免不必要的麻烦。