革命老区专项转移支付资金的管理权责被明确规定在管理办法的第二章中。
首先，资金的使用实行中央、省、县三级管理架构。具体来说，第四条规定市级财政部门在省级财政部门授权下，承担部分管理职责。
财政部在资金管理中扮演重要角色，第五条详细阐述了其职能。财政部负责制定相关政策，分配和下达资金，审核省级三年项目规划和年度项目，并对省级的转移支付资金管理和使用进行绩效评价和监督。
省级财政部门则在省级层面负责，第六条指出，他们需汇总编制本地区的三年规划，管理项目库，审核并批准县级年度项目，同时对县级的财政部门和项目实施情况实施绩效评价和检查。
县级财政部门，作为最基层的管理者，第七条中明确，他们的职责包括编制本地三年规划，申报年度项目，建立项目库，以及在省级批准后组织项目实施。
《革命老区专项转移支付资金管理办法》于2006年4月29日由财政部以财预〔2006〕61号印发。该《管理办法》分总则、管理权责、资金安排和分配、资金使用范围、三年项目规划、项目申报和审定、项目实施、监督检查、附则9章34条，自2006年4月29日起执行。2012年6月7日，财政部印发《革命老区转移支付资金管理办法》（预〔2012〕293号），该《办法》第18条决定，废止 2009年7月30日财政部公布的《革命老区专项转移支付资金管理办法》（财预〔2009〕345号）。