我遇到一个案件很难办：是开垦破坏草原的案件，1990年土地利用现状图上体现为天然草地，在2008年土地利用现状图上体现为沼泽地。由于破坏面积较大，涉嫌犯罪，公安机关已经介入，按相关法律规定，如果认定为草地，就构成犯罪，如果认定为沼泽地就不构成犯罪，公安机关要求畜牧部门出具破坏草地鉴定意见书，畜牧部门认为认定草地地类是由国土部门进行的，但国土部门说要依据土地管理法规定各部门按自己管辖范围自行认定，即草地归畜牧部门管理，理应由畜牧部门认定，对吗？
畜牧部门是否有资格出具破坏草地鉴定意见书
畜牧部门是否可以依据第二次全国土地调查成果--土地利用现状图认定草地。
畜牧部门是否有权认定草地。
是否有文件规定土地类型的认定由哪个部门进行
根据《中华人民共和国草原法》
第八条 国务院草原行政主管部门主管全国草原监督管理工作。
县级以上地方人民政府草原行政主管部门主管本行政区域内草原监督管理工作。
乡（镇）人民政府应当加强对本行政区域内草原保护、建设和利用情况的监督检查，根据需要可以设专职或者兼职人员负责具体监督检查工作。
第十一条 依法确定给全民所有制单位、集体经济组织等使用的国家所有的草原，由县级以上人民政府登记，核发使用权证，确认草原使用权。
未确定使用权的国家所有的草原，由县级以上人民政府登记造册，并负责保护管理。
集体所有的草原，由县级人民政府登记，核发所有权证，确认草原所有权。
依法改变草原权属的，应当办理草原权属变更登记手续。
按照你的问题补充，是否能够认定为草原的依据：
1、土地利用现状图。你所说的2008年土地利用现状图数据可能过旧了，应该每年度进行变更。
2、被破坏的地域原先是否属于国家所有的草原，有无相关登记造册资料（或是否核发过所有权证、有无承包合同等）。
3、被破坏的地域在被破坏前有其他相关的资料表明该地域属于草原。
你所在省（区）应该制订有具体的《草原法》实施办法，对主管部门应该有所明确。